Para um pouco de fundo:

Eu tenho um projeto DLL com a seguinte estrutura:

Rivworks.Model (project)  
  \Negotiation (folder)  
      Model.edmx (model from DB #1)  
  \NegotiationAutos (folder)  
      Model.edmx (model from DB #2)  

Eu movi as seqüências de conexão do app.config deste projeto para o arquivo web.config. Eles sãonão na seção ConnectionString. Em vez disso, eu tenho uma classe estática que consome parte do web.config e expõe-los ao meu aplicativo como AppSettings. [SettingName].

<FeedAutosEntities_connString>metadata=res://*/;provider=System.Data.SqlClient;provider connection string='Data Source=db4;Initial Catalog=RivFeeds;Persist Security Info=True;User ID=****;Password=&quot;****&quot;;MultipleActiveResultSets=True'</FeedAutosEntities_connString>
<RivWorkEntities_connString>metadata=res://*/NegotiationAutos.NegotiationAutos.csdl|res://*/NegotiationAutos.NegotiationAutos.ssdl|res://*/NegotiationAutos.NegotiationAutos.msl;provider=System.Data.SqlClient;provider connection string='Data Source=db2;Initial Catalog=RivFramework_Dev;Persist Security Info=True;User ID=****;Password=&quot;****&quot;;MultipleActiveResultSets=True'</RivWorkEntities_connString>

Eu tenho duas classes, uma para cada contexto e elas se parecem com isso:

namespace RivWorks.Model
{
    public class RivWorksStore
    {
        private RivWorks.Model.Negotiation.Entities _dbNegotiation;

        public RivWorksStore(string connectionString, string metadata, string provider)
        {
            EntityConnectionStringBuilder entityBuilder = new EntityConnectionStringBuilder();
            entityBuilder.ConnectionString = connectionString;
            entityBuilder.Metadata = "res://*/";    // metadata;
            //entityBuilder.Provider = provider;
            _dbNegotiation = new RivWorks.Model.Negotiation.Entities(entityBuilder.ConnectionString);
        }

        public RivWorks.Model.Negotiation.Entities NegotiationEntities()
        {
            return _dbNegotiation;
        }
    }
}

namespace RivWorks.Model
{
    public class FeedStoreReadOnly
    {
        private RivWorks.Model.NegotiationAutos.Entities _dbFeed;

        public FeedStoreReadOnly(string connectionString, string metadata, string provider)
        {
            EntityConnectionStringBuilder entityBuilder = new EntityConnectionStringBuilder();
            entityBuilder.ConnectionString = connectionString;
            entityBuilder.Metadata = "res://*/";    // metadata;
            //entityBuilder.Provider = provider;
            _dbFeed = new RivWorks.Model.NegotiationAutos.Entities(entityBuilder.ConnectionString);
        }

        public RivWorks.Model.NegotiationAutos.Entities ReadOnlyEntities()
        {
            return _dbFeed;
        }
    }
}

Você notará que o MetaData está sendo reescrito para uma versão curta.

Quando eu comento essa linha em cada classe, recebo este erro:

Não é possível carregar o recurso de metadados especificado.

Quando deixo essa linha em cada classe, recebo este erro:

Esquema especificado não é válido. Erros:

Negotiation.Model.csdl (3,4): erro 0019: o nome EntityContainer deve ser exclusivo. Um EntityContainer com o nome 'Entidades' já está definido.

Eu sei que é algo simples, algo óbvio. Todas as sugestões são bem vindas ...