Para un poco de fondo:

Tengo un proyecto DLL con la siguiente estructura:

Rivworks.Model (project)  
  \Negotiation (folder)  
      Model.edmx (model from DB #1)  
  \NegotiationAutos (folder)  
      Model.edmx (model from DB #2)  

He movido las cadenas de conexión de la aplicación.config de este proyecto al archivo web.config. Sonno en la sección ConnectionString. Más bien, tengo una clase estática que consume parte de web.config y los expone a mi aplicación como AppSettings.

<FeedAutosEntities_connString>metadata=res://*/;provider=System.Data.SqlClient;provider connection string='Data Source=db4;Initial Catalog=RivFeeds;Persist Security Info=True;User ID=****;Password=&quot;****&quot;;MultipleActiveResultSets=True'</FeedAutosEntities_connString>
<RivWorkEntities_connString>metadata=res://*/NegotiationAutos.NegotiationAutos.csdl|res://*/NegotiationAutos.NegotiationAutos.ssdl|res://*/NegotiationAutos.NegotiationAutos.msl;provider=System.Data.SqlClient;provider connection string='Data Source=db2;Initial Catalog=RivFramework_Dev;Persist Security Info=True;User ID=****;Password=&quot;****&quot;;MultipleActiveResultSets=True'</RivWorkEntities_connString>

Tengo 2 clases, una para cada contexto y se ven así:

namespace RivWorks.Model
{
    public class RivWorksStore
    {
        private RivWorks.Model.Negotiation.Entities _dbNegotiation;

        public RivWorksStore(string connectionString, string metadata, string provider)
        {
            EntityConnectionStringBuilder entityBuilder = new EntityConnectionStringBuilder();
            entityBuilder.ConnectionString = connectionString;
            entityBuilder.Metadata = "res://*/";    // metadata;
            //entityBuilder.Provider = provider;
            _dbNegotiation = new RivWorks.Model.Negotiation.Entities(entityBuilder.ConnectionString);
        }

        public RivWorks.Model.Negotiation.Entities NegotiationEntities()
        {
            return _dbNegotiation;
        }
    }
}

namespace RivWorks.Model
{
    public class FeedStoreReadOnly
    {
        private RivWorks.Model.NegotiationAutos.Entities _dbFeed;

        public FeedStoreReadOnly(string connectionString, string metadata, string provider)
        {
            EntityConnectionStringBuilder entityBuilder = new EntityConnectionStringBuilder();
            entityBuilder.ConnectionString = connectionString;
            entityBuilder.Metadata = "res://*/";    // metadata;
            //entityBuilder.Provider = provider;
            _dbFeed = new RivWorks.Model.NegotiationAutos.Entities(entityBuilder.ConnectionString);
        }

        public RivWorks.Model.NegotiationAutos.Entities ReadOnlyEntities()
        {
            return _dbFeed;
        }
    }
}

Notarás que el MetaData se está reescribiendo en una versión corta.

Cuando comento esa línea en cada clase recibo este error:

No se puede cargar el recurso de metadatos especificado.

Cuando dejo esa línea en cada clase recibo este error:

El esquema especificado no es válido. Errores:

Negotiation.Model.csdl (3,4): error 0019: El nombre de EntityContainer debe ser único. Un EntityContainer con el nombre 'Entidades' ya está definido.

Sé que es algo simple, algo obvio. Cualquier sugerencia de bienvenida ...