Eu só estou começando a construir aplicativos Java (eu tenho experiência em .NET) e eu estava tentando construir um pequeno aplicativo de teste cujo código inteiro é este:

package com.company;

import com.microsoft.sqlserver.jdbc.SQLServerDataSource;

import java.sql.Connection;
import java.sql.PreparedStatement;
import java.sql.ResultSet;
import java.sql.SQLException;

public class Main {

    public static void main(String[] args) throws SQLException {
        System.out.println("Buna lume!");

        SQLServerDataSource ds = new SQLServerDataSource();
        ds.setIntegratedSecurity(true);
        ds.setServerName("localhost");
        ds.setPortNumber(1433);
        ds.setDatabaseName("Test");
        Connection con = ds.getConnection();

        String SQL = "SELECT * FROM Test WHERE ID = ?";
        PreparedStatement stmt = con.prepareStatement(SQL);
        stmt.setInt(1, 2);
        ResultSet rs = stmt.executeQuery();

        while (rs.next()) {
            System.out.println(rs.getInt(1) + ", " + rs.getString(2));
        }
        rs.close();
        stmt.close();

        con.close();
    }
}

Se eu executar o aplicativo no IDE (IntelliJ IDEA 12.1.6 Community Edition), com o SQL Server disponível, o aplicativo é executado corretamente, fazendo exatamente o que deveria.

O driver do SQL Server é baixado da Microsoft e adicionado como uma biblioteca externa. Eu criei um artefato como arquivo JAR:

Agora, se eu incluir o sqljdbc4.jar no cliTest.jar (meu JAR), o JAR resultante é gordo (550kB e inclui as classes nesse JAR também). Ou eu posso excluir isso. De qualquer maneira, correndo

java -jar cliTest.jar

Resulta em

Buna lume!
Exception in thread "main" java.lang.NoClassDefFoundError: com/microsoft/sqlserv
er/jdbc/SQLServerDataSource
        at com.company.Main.main(Main.java:15)
Caused by: java.lang.ClassNotFoundException: com.microsoft.sqlserver.jdbc.SQLSer
verDataSource
        at java.net.URLClassLoader$1.run(Unknown Source)
        at java.net.URLClassLoader$1.run(Unknown Source)
        at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method)
        at java.net.URLClassLoader.findClass(Unknown Source)
        at java.lang.ClassLoader.loadClass(Unknown Source)
        at sun.misc.Launcher$AppClassLoader.loadClass(Unknown Source)
        at java.lang.ClassLoader.loadClass(Unknown Source)
        ... 1 more

Eu aposto que estou sentindo falta de algo bem básico, mas eu simplesmente não consigo descobrir o que exatamente está causando isso.

LE1: Eu tentei adicionar sqljdbc4.jar (embora não parecesse necessário) e sqljdbc_auth.dll no diretório que contém o JAR, mas ainda sem alterações.

Mais tarde editar 2: Com base na resposta de Nikolay eu fiz o seguinte:

Excluiu o artefato existenteCriado um novo artefato da seguinte forma:

.. e resultou isso:

Construir -> Construir Artefatos -> cliTest.jar -> Reconstruir

CMD Prompt na pasta contendo:

[cliTest.jar 566 KB foi gerado]

java -jar cliTest.jar

Agora eu recebo:

Exception in thread "main" java.lang.SecurityException: Invalid signature file d
igest for Manifest main attributes
    at sun.security.util.SignatureFileVerifier.processImpl(Unknown Source)
    at sun.security.util.SignatureFileVerifier.process(Unknown Source)
    at java.util.jar.JarVerifier.processEntry(Unknown Source)
    at java.util.jar.JarVerifier.update(Unknown Source)
    at java.util.jar.JarFile.initializeVerifier(Unknown Source)
    at java.util.jar.JarFile.getInputStream(Unknown Source)
    at sun.misc.URLClassPath$JarLoader$2.getInputStream(Unknown Source)
    at sun.misc.Resource.cachedInputStream(Unknown Source)
    at sun.misc.Resource.getByteBuffer(Unknown Source)
    at java.net.URLClassLoader.defineClass(Unknown Source)
    at java.net.URLClassLoader.access$100(Unknown Source)
    at java.net.URLClassLoader$1.run(Unknown Source)
    at java.net.URLClassLoader$1.run(Unknown Source)
    at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method)
    at java.net.URLClassLoader.findClass(Unknown Source)
    at java.lang.ClassLoader.loadClass(Unknown Source)
    at sun.misc.Launcher$AppClassLoader.loadClass(Unknown Source)
    at java.lang.ClassLoader.loadClass(Unknown Source)
    at sun.launcher.LauncherHelper.checkAndLoadMain(Unknown Source)