Eu configurei o Tomcat para usar um pool de conexão, mas depois do tempo limite do MySQL em conexões, as conexões abertas anteriormente no pool não são abertas. Aqui está o que meu arquivo context.xml se parece:

<Resource name="jdbc/hpsgDB" auth="Container" type="javax.sql.DataSource"
           maxActive="5" maxIdle="3" maxWait="10000"
           username="uname" password="password" driverClassName="com.mysql.jdbc.Driver"
           url="jdbc:mysql://localhost:3306/hpsgdb?autoReconnect=true"/>

Como você pode ver, incluí o autoReconnect como verdadeiro, mas não o faz. Verifiquei o processo no banco de dados após 8 horas, que é o tempo limite definido.