Eu implementei o plugin de upload de arquivos jQuery com um framework php que foi relativamente simples seguindo as instruções.

https://github.com/blueimp/jQuery-File-Upload

Minha pergunta é especificamente para a classe PHP, quando o upload de imagens que eles carregam em minha pasta de estrutura (onde o script php é executado). O que eu quero saber é se existe uma maneira de definir o caminho para o qual as imagens serão enviadas.

Esta é a classe em questão.

https://github.com/blueimp/jQuery-File-Upload/blob/master/server/php/UploadHandler.php

Está incluído no repositório de upload de arquivos do jQuery.