Substituindo classe java?

Estou trabalhando em um recurso de sandbox para o meu antivírus java, e cheguei a uma pergunta: O pacote especificado em uma classe é importante para a compilação?

Exemplo: estou executando um programa que deseja usarRuntime.getRuntime().exec(), quando o classloader tenta carregar isso para executar um método, ele verifica o pacote qualificado no arquivo, se eles existirem? Eu preferiria não tentar alterar arquivos na JVM, mas simplesmente carregar os arquivos de um pacote diferente. Eu posso realizar o carregamento e tal, mas meu único dilema, vai colidir e queimar? Dentro do java, seria registrado como dizer,java.lang.Runtime, mas o código compilado dirá por exemplopkg.pkg.Runtime e será necessário estender o tempo de execução antigo? Meu palpite é que estender o tempo de execução antigo seria apenas quebrá-lo. Alguém sabe alguma coisa sobre isso? Eu estou trabalhando em fazer um exemplo testável, mas eu ainda estou um pouco afastado e queria obter algumas respostas, assim como isso pode beneficiar algumas pessoas.

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