Por que colocar JavaScript no rodapé de uma página?

Então eu comprei e baixei recentemente um template da ThemeForest. Eu configurei o modelo no meu servidor local. Gerei a navegação, que possui menus suspensos, com codeigniter. Eu tinha tudo no menu codificado corretamente. Eu só tinha o cabeçalho gerado e fui testá-lo e percebi que os menus suspensos não estavam funcionando. Passei cerca de duas horas tentando descobrir o que havia de errado com o meu código. Então eu finalmente percebi que os arquivos JavaScript foram incluídos no rodapé do template ... que eu ainda não tinha gerado.

Então, minha pergunta é ... por que alguém colocaria arquivos JavaScript no rodapé de uma página HTML? Eu pensei que JS só deveria estar localizado no cabeçalho do arquivo. Certo?

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