¿Por qué poner JavaScript en el pie de página?

Así que recientemente compré y descargué una plantilla de ThemeForest. Configuré la plantilla en mi servidor local. Generé la navegación, que tiene menús desplegables, con codeigniter. Tenía todo en el menú codificado correctamente. Solo tuve el encabezado generado y fui a probarlo y me di cuenta de que los menús desplegables no funcionaban. Pasé unas dos horas tratando de averiguar qué estaba mal con mi código. Entonces, finalmente me di cuenta de que los archivos de JavaScript estaban incluidos en el pie de página de la plantilla ... que aún no había generado.

Entonces mi pregunta es ... ¿por qué alguien pondría los archivos JavaScript en el pie de página de una página HTML? Pensé que JS solo debía estar ubicado en el encabezado del archivo. ¿Derecha?

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