Eu pareço ter um problema bastante estranho. Eu exibo usuários e suas funções em um JSP. Por algum motivo, as funções são exibidas apenas pela primeira vez em que a página é carregada. Eu atualizo a página e as funções são todas excluídas do banco de dados!

Minha configuração é o aplicativo Spring MVC, JPA + Hibernate (sobre Spring Data) padrão. (Spring 3.2.x, Hibernate 4.1.8)

Eu tenho duas entidades -User eRole como mostrado abaixo (assuma os setters e getters)

@Entity
public class User {
    @Id
    @GeneratedValue
    private int id;

    private String name;

    @ManyToMany
    @JoinTable(name = "user_role", joinColumns = @JoinColumn(name = "user_id"), inverseJoinColumns = @JoinColumn(name = "role_id"))
    private Set<Role> roles = new HashSet<>();
}

@Entity
public class Role {
    @Id
    private String id;

    private String name;
}

Eu tenho um repositório Spring Data que não define nenhum método extra.

public interface UserRepository extends CrudRepository<User, Integer> { 
}

Eu tenho um serviço e um controlador cujos métodos relevantes são os seguintes.

// service
@Transactional(readOnly = true)
public Iterable<User> findAll() {
    return userRepository.findAll();
}

// controller
@RequestMapping
public String showUsers(ModelMap model) {
    model.put("users", userService.findAll());

    return "admin/users";
}

No meu JSP, estou tentando exibir todos os usuários e todas as funções associadas.

<c:forEach var="user" items="${users}">
    <tr>
        <td>${user.name}</td>
        <td>
           <c:forEach var="role" items="${user.roles}">
                ${role.name}
            </c:forEach>
        </td>
    </tr>
</c:forEach>

Como eu disse antes, os registros na minhauser_role tabela será excluída depois que esta página for renderizada.

Ao habilitarDEBUG paraorg.hibernate e habilitando o log de consulta, aqui está o que eu encontrei nos logs:

22:36:25 DEBUG Collection dereferenced: [com.adarshr.domain.User.roles#1] [Collections.java:76]
22:36:25 DEBUG Flushed: 0 insertions, 0 updates, 0 deletions to 2 objects [AbstractFlushingEventListener.java:117]
22:36:25 DEBUG Flushed: 0 (re)creations, 0 updates, 1 removals to 1 collections [AbstractFlushingEventListener.java:124]
22:36:25 DEBUG Deleting collection: [com.adarshr.domain.User.roles#1] [AbstractCollectionPersister.java:1124]
22:36:25 DEBUG 
    delete 
    from
        user_role 
    where
        user_id=? [SqlStatementLogger.java:104]
22:36:25 DEBUG Done deleting collection [AbstractCollectionPersister.java:1182]

Muito claramente algo suspeito está acontecendo aqui. Por que minha coleção está sendo desreferenciada em primeiro lugar?

Aqui está minha definição de fábrica do gerenciador de entidades JPA.

<bean id="entityManagerFactory" class="org.springframework.orm.jpa.LocalContainerEntityManagerFactoryBean">
    <property name="dataSource" ref="mainDataSource" />
    <property name="packagesToScan" value="com.adarshr.domain" />
    <property name="persistenceProviderClass" value="org.hibernate.ejb.HibernatePersistence" />
    <property name="jpaVendorAdapter">
        <bean class="org.springframework.orm.jpa.vendor.HibernateJpaVendorAdapter" />
    </property>
    <property name="jpaProperties">
        <value>
            hibernate.dialect=org.hibernate.dialect.MySQL5InnoDBDialect
            hibernate.format_sql=${hibernate.format.sql}
            hibernate.ejb.naming_strategy=org.hibernate.cfg.ImprovedNamingStrategy
            hibernate.show_sql=${hibernate.show.sql}
            hibernate.enable_lazy_load_no_trans=true
        </value>
    </property>
</bean>

Estou faltando alguma coisa óbvia aqui?