Consegui obter uma permissão para me comunicar com um dispositivo por meio da USB Host API do Android.

private static final String ACTION_USB_PERMISSION = "com.android.example.USB_PERMISSION";

protected void execute(Context ctxt) {
    UsbManager manager = (UsbManager) viewer.getSystemService(Context.USB_SERVICE);
    HashMap<String, UsbDevice> deviceList = manager.getDeviceList();

    UsbDevice d = null;
    for (String s : deviceList.keySet()) {
        d = deviceList.get(s);
    }

    PendingIntent mPermissionIntent = PendingIntent.getBroadcast(ctxt, 0, new Intent(ACTION_USB_PERMISSION), 0);
    IntentFilter filter = new IntentFilter(ACTION_USB_PERMISSION);
    viewer.registerReceiver(mUsbReceiver, filter);

    manager.requestPermission(d, mPermissionIntent);
}

private final BroadcastReceiver mUsbReceiver = new BroadcastReceiver() {

    public void onReceive(Context context, Intent intent) {
        String action = intent.getAction();
        if (ACTION_USB_PERMISSION.equals(action)) {
            synchronized (this) {
                UsbDevice device = (UsbDevice)intent.getParcelableExtra(UsbManager.EXTRA_DEVICE);

                if (intent.getBooleanExtra(UsbManager.EXTRA_PERMISSION_GRANTED, false)) {
                    if(device != null){
                      Log.d(TAG, "Permission granted!");
                   }
                } 
                else {
                    Log.d(TAG, "permission denied for device " + device);
                }
            }
        }
    }
};

Infelizmente isso não dá ao meu código NDK permissão para se comunicar diretamente com este dispositivo (que é necessário para o libusb). Existe alguma maneira de "transferir" as permissões de Java para NDK sem raiz?

P.S. Acabei usando sockets UNIX para transferir o File Descirptor original do Java para um executável nativo do Android (tenho o projeto GNU-ed emhttps://github.com/martinmarinov/rtl_tcp_andro- ). Para algumas pessoas, seria ainda mais fácil, pois eles podem estar usando o NDK para se conectar diretamente ao dispositivo (não um aplicativo de terceiros) e, portanto, o ponteiro usado em Java ainda pode ser acessado pelo NDK sem precisar mexer no UNIX tomadas.