Eu tenho uma instalação do Tomcat 7 no Windows para o qual eu estou implantando meu aplicativo. Eu tenho alguns argumentos de JVM que preciso definir para os aplicativos em execução no servidor. Pesquisando na internet eu acho dois (três se você contar o serviço windows):

Para aqueles que usam o eclipse:

Clique duas vezes na guia server> Open launch configuration> arguments

Para aqueles que usam o script de inicialização do tomcat:

Crie um setenv.bat (ou setenv.sh para Linux) e defina CATALINA_OPTS ou JAVA_OPTS

No entanto, eles parecem ser mutuamente exclusivos. Definir os argumentos no eclipse (+1 se você puder dizer onde eles estão armazenados) não afeta o script de inicialização e a configuração das propriedades setenv.bat não afeta o servidor quando iniciado dentro do eclipse. Ambos trabalham individualmente.

Ambos apontam para a mesma instalação e, no eclipse, na página de visão geral do servidor, selecionei "Usar a instalação do Tomcat (assume o controle da instalação do Tomcat).