Eu desenvolvi recentemente um aplicativo e criei o arquivo jar.

Uma das minhas classes cria um diretório de saída, preenchendo-o com arquivos de seu recurso.

Meu código é algo assim:

// Copy files from dir "template" in this class resource to output.
private void createOutput(File output) throws IOException {

    File template = new File(FileHelper.URL2Path(getClass().getResource("template")));
    FileHelper.copyDirectory(template, output);
}

Infelizmente isso não funciona.

Eu tentei o seguinte sem sorte:

Usando Streams para resolver coisas semelhantes em outras classes, mas não funciona com dirs. Código foi semelhante aohttp://www.exampledepot.com/egs/java.io/CopyFile.html

Criando o modelo de arquivo comnew File(getClass().getResource("template").toUri())

Enquanto escrevia isso, eu estava pensando em vez de ter um diretório de modelo no caminho do recurso tendo um arquivo zip dele. Fazendo desta forma eu poderia pegar o arquivo como um inputStream e descompactá-lo onde eu preciso. Mas não tenho certeza se é o caminho correto.