Gostaria de poder conectar meu Mac a minhas instâncias do EC2 para executar o processamento paralelo na AWS por meio doparallel pacote usandomakePSOCKcluster oumakeSOCKCluster.

No momento em que minha tentativa deixa R 'pendurado', então eu adaptei omakePSOCKclustere algumas de suas sub-rotinas, de modo que algumas de suas saídas possam ser vistas adicionando-v opção para o ssh. Acho que consegui lidar com o login do ssh sem senha, mas estou ficando preso nosocketConnection parte que eu acho que está causando problemas.

Eu tentei associar Elastic IPs e usá-los como os endereços IP sem sucesso, também tentei ajustar os grupos de segurança para que ele inclua a porta padrão que makePSOCKcluster usa sem sucesso ... No último caso, eu não usei o argumento de portas e usou a opção de porta padrão de 10187 à qual diz:

Error in socketConnection("localhost", port = port, server = TRUE, blocking = TRUE,  : 
  cannot open the connection
In addition: Warning message:
In socketConnection("localhost", port = port, server = TRUE, blocking = TRUE,  :
  port 10187 cannot be opened

Analisando algumas perguntas da lista de discussão do hpc, este parecia ser um problema relacionado a ser janelas ... mas, considerando que estou conectando de um Mac, não acho que me enquadre nessa categoria.

ohosts objeto é apenas o DNS público que é fornecido após o lançamento de uma instância do EC2.

O abaixo é a minha tentativa atual de ter adaptado alguns dosmakePSOCKcluster função paramakePSOCKcluster1 eles deveriam ser mais ou menos o mesmo.

Eu especifiquei orscript parâmetro para coincidir com o que seria esperado em uma instância do Ubuntu, e eu especifiquei oubuntu como o nome de usuário para entrar como na instância do EC2 do ubuntu.

makePSOCKcluster1 <- function (names, ...) {
    if (is.numeric(names)) 
        names <- rep("localhost", names[1])
    options <- parallel:::addClusterOptions(parallel:::defaultClusterOptions, list(...))
    cl <- vector("list", length(names))
    for (i in seq_along(cl)) cl[[i]] <- newPSOCKnode1(names[[i]], 
        options = options, rank = i)
    class(cl) <- c("SOCKcluster", "cluster")
    cl
}



newPSOCKnode1 <- function (machine = "localhost", ..., options = parallel:::defaultClusterOptions, 
                           rank) 
{
    options <- options
    if (is.list(machine)) {
        options <- options
        machine <- machine$host
    }
    outfile <- parallel:::getClusterOption("outfile", options)
    master <- if (machine == "localhost") 
        "localhost"
    else parallel:::getClusterOption("master", options)
    port <- parallel:::getClusterOption("port", options)
    manual <- parallel:::getClusterOption("manual", options)
    timeout <- parallel:::getClusterOption("timeout", options)
    methods <- parallel:::getClusterOption("methods", options)
    useXDR <- parallel:::getClusterOption("useXDR", options)
    env <- paste("MASTER=", master, " PORT=", port, " OUT=", 
                 outfile, " TIMEOUT=", timeout, " METHODS=", methods, 
                 " XDR=", useXDR, sep = "")
    arg <- "parallel:::.slaveRSOCK()"
    rscript <- if (parallel:::getClusterOption("homogeneous", options)) {
        shQuote(parallel:::getClusterOption("rscript", options))
    }
    else "Rscript"
    cmd <- paste(rscript, "-e", shQuote(arg), env)
    renice <- parallel:::getClusterOption("renice", options)
    if (!is.na(renice) && renice) 
        cmd <- sprintf("nice +%d %s", as.integer(renice), cmd)
    if (manual) {
        cat("Manually start worker on", machine, "with\n    ", 
            cmd, "\n")
        flush.console()
    }
    else {
        if (machine != "localhost") {
            rshcmd <- parallel:::getClusterOption("rshcmd", options)
            user <- parallel:::getClusterOption("user", options)
            cmd <- shQuote(cmd)
            cmd <- paste(rshcmd, "-v -l", user, machine, cmd)
            print(cmd)
        }
        if (.Platform$OS.type == "windows") {
            system(cmd, wait = FALSE, input = "")
        }
        else system(cmd, wait = FALSE)
    }
    print("ssh done!!! about to start socketConnection....")
    con <- socketConnection("localhost", port = port, server = TRUE, 
                            blocking = TRUE, open = "a+b", timeout = timeout)
    print("socketConnection complete!!!")
    structure(list(con = con, host = machine, rank = rank), class = if (useXDR) 
        "SOCKnode"
              else "SOCK0node")
}



 hosts <- c("ec2-xxx-xx-xxx-xxxx.zone.compute.amazonaws.com","ec2-xx-xxx-xxx-xxx.zone.compute.amazonaws.com")
 # the code to try and connect to the actual EC2 instance...
 cl1 <- makePSOCKcluster1(hosts, user="ubuntu", rscript="/usr/lib/R/bin/Rscript", port=8787)



[1] "ssh -v -l ubuntu ec2-xxxxxxxxxxx.zone.compute.amazonaws.com \"'/usr/lib/R/bin/Rscript' -e 'parallel:::.slaveRSOCK()' MASTER=local.machine.name PORT=8787 OUT=/dev/null TIMEOUT=2592000 METHODS=TRUE XDR=TRUE\""
[1] "ssh done!!! about to start socketConnection...."
OpenSSH_5.2p1, OpenSSL 0.9.8r 8 Feb 2011
debug1: Reading configuration data /etc/ssh_config
debug1: Connecting to ec2-xxxxxxxxxxx.zone.compute.amazonaws.com [xx.xxx.xx.x.x] port 22.
debug1: Connection established.
debug1: identity file /Users/username/.ssh/identity type -1
debug1: identity file /Users/username/.ssh/id_rsa type 1
debug1: identity file /Users/username/.ssh/id_dsa type 2
debug1: Remote protocol version 2.0, remote software version OpenSSH_5.9p1 Debian-5ubuntu1
debug1: match: OpenSSH_5.9p1 Debian-5ubuntu1 pat OpenSSH*
debug1: Enabling compatibility mode for protocol 2.0
debug1: Local version string SSH-2.0-OpenSSH_5.2
debug1: SSH2_MSG_KEXINIT sent
debug1: SSH2_MSG_KEXINIT received
debug1: kex: server->client aes128-ctr hmac-md5 none
debug1: kex: client->server aes128-ctr hmac-md5 none
debug1: SSH2_MSG_KEX_DH_GEX_REQUEST(1024<1024<8192) sent
debug1: expecting SSH2_MSG_KEX_DH_GEX_GROUP
debug1: SSH2_MSG_KEX_DH_GEX_INIT sent
debug1: expecting SSH2_MSG_KEX_DH_GEX_REPLY
Warning: Permanently added 'ec2-xx-xx-xxx-xxx-xx.ap-southeast-1.compute.amazonaws.com,xx.xxx.xxx.xx.x' (RSA) to the list of known hosts.
debug1: ssh_rsa_verify: signature correct
debug1: SSH2_MSG_NEWKEYS sent
debug1: expecting SSH2_MSG_NEWKEYS
debug1: SSH2_MSG_NEWKEYS received
debug1: SSH2_MSG_SERVICE_REQUEST sent
debug1: SSH2_MSG_SERVICE_ACCEPT received
debug1: Authentications that can continue: publickey
debug1: Next authentication method: publickey
debug1: Offering public key: /Users/username/.ssh/id_rsa
debug1: Server accepts key: pkalg ssh-rsa blen 277
debug1: Authentication succeeded (publickey).
debug1: channel 0: new [client-session]
debug1: Requesting [email protected]
debug1: Entering interactive session.
debug1: Sending command: '/usr/lib/R/bin/Rscript' -e 'parallel:::.slaveRSOCK()' MASTER=local.machine.name PORT=8787 OUT=/dev/null TIMEOUT=2592000 METHODS=TRUE XDR=TRUE
debug1: client_input_channel_req: channel 0 rtype exit-status reply 0
debug1: channel 0: free: client-session, nchannels 1
debug1: fd 0 clearing O_NONBLOCK
debug1: fd 1 clearing O_NONBLOCK
debug1: fd 2 clearing O_NONBLOCK
Transferred: sent 2352, received 2400 bytes, in 20.0 seconds
Bytes per second: sent 117.5, received 119.9
debug1: Exit status 1

Eu estou usando um Mac no OS X 10.6.8 para conectar a uma instância do Debian Ubunutu. Se houver melhores maneiras de se conectar às instâncias do EC2 para realizar o processamento paralelo que as pessoas sabem, isso também seria extremamente útil.

O objetivo final é usarforeach para realizar este processamento uma vez que o cluster tenha sido registrado.

Também como uma questão secundária eu estava me perguntando, quais são os prós e contras de velocidade / processamento associados à realização de um processo em paralelo vs usando MPI? ou algum outro método?

Desde já, obrigado!

EDITAR Eu consegui pegar omakePSOCKcluster para trabalhar se a partir de uma instância separada do EC2, eparLapply função funciona, e eu posso até registrar usandoregisterDoParallel(cl1) Ondecl1 é o objeto do cluster, mas por algum motivoforeach...%dopar% não funciona ... dando o erro:

Error in serialize(data, node$con) : error writing to connection

ou

Error in unserialize(node$con) : error reading from connection

as conexões parecem ok quando se olha parashowConnections() com isso como a seguinte saída:

> showConnections()
  description                                                 class      mode  text     isopen   can read can write
3 "<-ip-xx-xxxx-x-xxx.zone.compute.internal:10187"   "sockconn" "a+b" "binary" "opened" "yes"    "yes"    
4 "<-ip-yy-yyyy-y-yyyy.zone.compute.internal:10187" "sockconn" "a+b" "binary" "opened" "yes"    "yes"    
5 "<-ip-zz-zzzz-z-zzzz.zone.compute.internal:10187"  "sockconn" "a+b" "binary" "opened" "yes"    "yes"    
> 

Ondex,y & z representam os diferentes endereços IP ....foreach exemplos saem diretamente os exemplos dados nos arquivos de ajuda doforeach e além disso, alguns dosclusterCall/clusterExport/clusterEvalQ funções doparallel pacote não funciona também ... dando uma mensagem de erro semelhante como antes ....

Eu ainda gostaria de poder me conectar a partir de um Mac ... mas também gostaria de poder usar o foreach para realizar processamento paralelo ... espero que a informação extra ajude