Czy są jakieś wytyczne lub zalecenia dotyczące zarządzania bibliotekami, które nie są w nuget wraz z pakietami, które są.

Większość z nich może być bibliotekami firm trzecich, które mogą nigdy nie działać w nuget, chyba że specjalnie je wprowadzimy.

Czy najlepiej jest przechowywać te biblioteki z tego samego folderu, którego nuget używa do przechowywania pobranych bibliotek dll, czy może lepiej je przechowywać razem?

Chcielibyśmy przenieść się do DVCS, kiedy już to uporządkujemy i prawdopodobnie dodamy plik ignorujący, aby zignorować cały katalog pakietów (i ewentualnie dodać wykluczenia dla tych bibliotek innych niż nuget lub po prostu zmusić je do sprawdzenia, jeśli kiedykolwiek się zmienią) ).