Результаты поиска по запросу "snakemake"
Как использовать расширение в snakemake, когда некоторые конкретные комбинации символов подстановки не желательны?
Предположим, у меня есть следующие файлы, к которым я хочу применить некоторую обработку автоматически, используя snakemake:
На самом деле проблема со ссылками, изменение ссылок, этот код работает просто отлично
аюсь запустить простой файл snakemake с одним правилом следующим образом:
Это не нормально
ющий скрипт snakemake: rule all: input: 'test.done' rule pipe: output: 'test.done' shell: """ seq 1 10000 | head > test.done """завершается со следующей ошибкой: snakemake -s test.snake Provided cores: 1 Rules claiming more threads will ...
в строке output.tmp это закомментировано в моем текущем Snakefile, я просто забыл удалить его здесь.
я проблема с выяснением, как заставить директиву input выбирать только все{samples} файлы в правиле ниже. rule MarkDup: input: expand("Outputs/MergeBamAlignment/{samples}_{lanes}_{flowcells}.merged.bam", zip, samples=samples['sample'], ...