Tengo un problema que me está volviendo loco. Matlab solo ve algunas de mis clases incrustadas en un archivo JAR

Si compilo las clases fuera de un paquete y agrego la ruta a la clase en Matlab usando javaaddpath, no encuentro ningún problema

Cuando compilo la clase en un paquete y luego trato de acceder a ellos en Matlab, tengo problemas. Debajo de un código de Matlab

>>javaaddpath('/Users/me/Documents/workspace/EKGTest.jar');
>>clear java
>>import com.neurosky.thinkgear.*
>>methods('EkgSense')

Methods for class com.neurosky.thinkgear.EkgSense:

EkgSense                  getClass                  notify                    reset            
addTemplate               getClassificationResults  notifyAll                  toString
equals                    hashCode                  processData               wait   

>>methods('EkgEpoch')

No methods for class EkgEpoch or no class EkgEpoch

Ahora, miro en el paquete, todas las clases son públicas. Este es el resultado dejar -tf

osx:/Users/me/Documents/workspace> jar tf EKGTest.jar
META-INF/MANIFEST.MF
META-INF/REFACTORINGS.XML
com/
com/neurosky/
com/neurosky/thinkgear/
com/neurosky/thinkgear/EkgEpoch.class
com/neurosky/thinkgear/EkgEpoch.java
com/neurosky/thinkgear/EkgParameters.class
com/neurosky/thinkgear/EkgParameters.java
com/neurosky/thinkgear/EkgTemplate.class
com/neurosky/thinkgear/EkgTemplate.java
com/neurosky/thinkgear/Matlab.class
com/neurosky/thinkgear/Matlab.java
com/neurosky/thinkgear/EkgSense.class
com/neurosky/thinkgear/EkgSense.java
com/neurosky/thinkgear/DistanceArray.class
com/neurosky/thinkgear/DistanceArray.java

y debajo dejavap --classpath

osx:/Users/me/Documents/workspace> javap -classpath /Users/me/Documents/workspace/EKGTest.jar    com.neurosky.thinkgear.EkgEpoch
Compiled from "EkgEpoch.java"
public class com.neurosky.thinkgear.EkgEpoch extends java.lang.Object implements java.lang.Cloneable{
    public int numberOfSamples;
    public float[] data;
    public com.neurosky.thinkgear.EkgEpoch(int);
    public com.neurosky.thinkgear.EkgEpoch(int, float[]);
    public com.neurosky.thinkgear.EkgEpoch(float[]);
    public com.neurosky.thinkgear.EkgEpoch(com.neurosky.thinkgear.EkgEpoch);
    public com.neurosky.thinkgear.EkgEpoch(org.json.JSONArray);
    public org.json.JSONArray toJSONArray();
    public static float[] convolve(float[], float[]);
    public float getLineNoiseAmplitude();
    public com.neurosky.thinkgear.EkgEpoch subtract(com.neurosky.thinkgear.EkgEpoch);
    public com.neurosky.thinkgear.EkgEpoch subEpoch(int, int);
    public com.neurosky.thinkgear.EkgEpoch square();
    public com.neurosky.thinkgear.EkgEpoch subtract(float);
    public com.neurosky.thinkgear.EkgEpoch diff();
    public boolean exceedValue(float, int, int);
    public com.neurosky.thinkgear.EkgEpoch smooth(int);
    public float mean();
    public float sum();
    public float max();
    public float median();
    public com.neurosky.thinkgear.EkgEpoch clone();
    public com.neurosky.thinkgear.EkgEpoch sort();
    public int[] sortIndices(com.neurosky.thinkgear.EkgEpoch);
    public float std();
    public int find_heart_beats(int[], float);
    public com.neurosky.thinkgear.EkgEpoch detrend();
    public java.lang.Object clone()       throws java.lang.CloneNotSupportedException;
}

osx:/Users/me/Documents/workspace> javap -classpath /Users/me/Documents/workspace/EKGTest.jar  com.neurosky.thinkgear.EkgSense
Compiled from "EkgSense.java"
public class com.neurosky.thinkgear.EkgSense extends java.lang.Object{
    public com.neurosky.thinkgear.EkgParameters params;
    public com.neurosky.thinkgear.EkgTemplate[] templates;
    public com.neurosky.thinkgear.EkgTemplate currentData;
    public int lastTemplateInd;
    public float lastEpochValue;
    public com.neurosky.thinkgear.EkgSense(com.neurosky.thinkgear.EkgParameters);
    public void reset();
    public void addTemplate(java.lang.String, float[][]);
    public void addTemplate(com.neurosky.thinkgear.EkgTemplate);
    public java.lang.String getClassificationResults();
    public boolean processData(float[]);
}

Estoy ejecutando Matlab en OSX. He intentado con Matlab 7.7.0.471 (R2008b) y 7.11.0.584 (R2010b) y obtuve el mismo problema. Ambos Matlab están utilizando el OSX Java nativo (Java 1.6.0_26-b03-384-10M3425 con Apple Inc. Java HotSpot (TM) 64-Bit Server VM modo mixto) que debería ser el mismo que en Eclipse (he comprobado y Eclipse compila con 1.6).

Recuerde que puedo ver la clase que falta sin problemas cuando elimino la declaración del paquete y algunas importaciones en la parte superior de los archivos java (en todas las clases, por supuesto) y cuando simplemente agrego la ruta a los archivos .class (no accedo ellos en un archivo JAR).

Cualquier ayuda sería muy apreciada. Gracias

Jason