Obtengo los siguientes resultados en mi máquina:

Python 3.2.2 (default, Sep  4 2011, 09:51:08) [MSC v.1500 32 bit (Intel)] on win
32
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import timeit
>>> timeit.timeit('factorial(10000)', 'from math import factorial', number=100)
1.9785256226699202
>>>

Python 2.7.2 (default, Jun 12 2011, 15:08:59) [MSC v.1500 32 bit (Intel)] on win
32
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import timeit
>>> timeit.timeit('factorial(10000)', 'from math import factorial', number=100)
9.403801111593792
>>>

Pensé que esto podría tener algo que ver con la conversión int / long, perofactorial(10000L) no es más rápido en 2.7.