¿Forma correcta de hacer referencia a Javascript en ASP.NET MVC?

¿Cuál es la forma correcta de hacer referencia a Javascript en ASP.NET MVC? El uso de algo como ../../Scripts/Myscript.js parece funcionar bien para rutas que son las tradicionales {controller} / {action} / {id}, pero son más frágiles para cualquier cosa más o menos compleja que eso. De mayor preocupación es que la referencia absoluta racional (/Scripts/Myscript.js) rompe Intellisense en Visual Studio.

¿Cómo lo manejas?

EDIT: Obviamente, esta es una pregunta muy antigua en este momento, pero estoy editando para mencionar que en MVC4, todo lo que necesitas es esto:

src="~/Scripts/Whatever.js"

Eso es suficiente para que Razor descubra a qué te refieres, usando la ruta raíz.

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