Ioc / DI - ¿Por qué tengo que hacer referencia a todas las capas / ensamblajes en el punto de entrada de la aplicación?

(Relacionado con esta pregunta, EF4: ¿Por qué la creación de proxy debe habilitarse cuando la carga diferida está habilitada?).

Soy nuevo en DI, así que tengan paciencia conmigo. Entiendo que el contenedor se encarga de crear instancias de todos mis tipos registrados, pero para hacerlo requiere una referencia a todas las DLL en mi solución y sus referencias.

Si no estuviera usando un contenedor DI, no tendría que hacer referencia a la biblioteca EntityFramework en mi aplicación MVC3, solo a mi capa empresarial, que haría referencia a mi capa DAL / Repo.

Sé que al final del día todas las DLL están incluidas en la carpeta bin, pero mi problema es tener que hacer referencia explícitamente a través de "agregar referencia" en VS para poder publicar un WAP con todos los archivos necesarios.

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