Ioc / DI - Por que preciso fazer referência a todas as camadas / montagens no ponto de entrada do aplicativ

(Relacionado a esta pergunta, EF4: Por que a criação de proxy precisa ser ativada quando o carregamento lento é ativad).

Eu sou novo no DI, então tenha paciência comigo. Entendo que o contêiner é responsável por instanciar todos os meus tipos registrados, mas para isso, é necessário fazer referência a todas as DLLs da minha solução e suas referências.

Se eu não estivesse usando um contêiner de DI, não precisaria fazer referência à biblioteca EntityFramework no meu aplicativo MVC3, apenas minha camada de negócios, que faria referência à minha camada DAL / Rep

Sei que no final do dia todas as DLLs estão incluídas na pasta bin, mas meu problema é ter que fazer referência explícita a ela através de "add reference" no VS para poder publicar um WAP com todos os arquivos necessário

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