Tengo el siguiente códig

anna.table<-data.frame (anna1,anna2)
write.table<-(anna.table, file="anna.file.txt",sep='\t', quote=FALSE) 

my tabla al final contiene números como el siguiente

chr         start    end      score
chr2      41237927  41238801    151
chr1      36976262  36977889    226
chr8      83023623  83025129    185

y así.....

después de eso, estoy tratando de obtener solo los valores que se ajustan a algunos criterios, como una puntuación menor que un valor específico

so estoy haciendo lo siguiente

anna3<-"data/anna/anna.file.txt"
anna.total<-read.table(anna3,header=TRUE)
significant.anna<-subset(anna.total,score <=0.001)

Error: In Ops.factor(score, 0.001) <= not meaningful for factors

so supongo que el problema es que mi tabla tiene factores y no enteros

Supongo que mi puntaje anna.total $ es un factor y debo convertirlo en un entero

Si leo correctamente, el as.numeric podría resolver mi problema

Estoy leyendo sobre la función as.numeric pero no puedo entender cómo puedo usarla

Por lo tanto, ¿podría darme algunos consejos?

gracias de anteman

aludos cordiales Anna

PS: probé la siguiente

anna3<-"data/anna/anna.file.txt"
anna.total<-read.table(anna3,header=TRUE)
anna.total$score.new<-as.numeric (as.character(anna.total$score))
write.table(anna.total,file="peak.list.numeric.v3.txt",append = FALSE ,quote = FALSE,col.names =TRUE,row.names=FALSE, sep="\t")

anna.peaks<-subset(anna.total,fdr.new <=0.001)
Warning messages:
1: In Ops.factor(score, 0.001) : <= not meaningful for factors

de nuevo tengo el mismo problema ......