JDK, JRE y compatibilidad JARs

Sé un poco sobre la fuente JDK y JRE y la compatibilidad binaria (por ejemplo,est yest), pero no estoy seguro acerca de la siguiente situación:

Consider Tengo una aplicación que se compila utilizando JDK5 y se ejecuta en JRE6. Utiliza algunas bibliotecas (frascos) que también se compilan con JDK5.

Ahora quiero compilar mi aplicación usando JDK6. ¿Qué problemas nuevos podrían surgir en tiempo de ejecución en tal caso (particularmente, en compatibilidad con los "viejos" frascos)? ¿Debería volver a probar la aplicación por completo (tocar todas las bibliotecas) o confiar en la compatibilidad JDK / JRE prometida?

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