Es posible usar setTimout () dentro de un objeto JavaScript?

Actualmente, la llamada al método de animación se ejecuta una vez, parece que setTimeout () no está haciendo su trabajo. He logrado que funcione, pero en un método realmente hack de tener una función fuera de la clase que usa setTimeout. Me gustaría hacer que el bucle de animación sea un trabajo para la clase AnimationManager. Si puede ver alguna mala práctica, o dónde me estoy equivocando ... ¡por favor, avísenme!

JavaScript:

var AnimationManager = function(canvas)
{
    this.canvas = canvas;
    this.canvasWidth = canvas.width();
    this.canvasHeight = canvas.height();
    this.ctx = canvas.get(0).getContext('2d');
    this.running = true;

    this.start = function start(){
        this.running = true;
        this.animate();
    }

    /** Allow the animations to run */
    this.run = function run(){
        this.running = false;

    } 
    /** Stop the animations from running */    
    this.stop = function stop(){
        this.running = false;
    }

    this.animate = function animate()
    {
        if(this.running)
        {
            this.update();
            this.clear();
            this.draw();
        }
        setTimeout(this.animate, 40); //25 fps
    }

    /** Update all of the animations */
    this.update = function update()
    {
        for(var i in shapes)
        {
            shapes[i].moveRight();
        }
    }

    /** Clear the canvas */
    this.clear = function clear()
    {      
        this.ctx.clearRect(0,0, this.canvasWidth, this.canvasHeight);  
    }

    /** Draw all of the updated elements */
    this.draw = function draw()
    {       
        for(var i in shapes)
        {
            this.ctx.fillRect(shapes[i].x, shapes[i].y, shapes[i].w, shapes[i].h);
        }
    }
}

JavaScript dentro de la página de índice, que demuestra cómo me gustaría que funcionara el AnimationManager:

<script type="text/javascript">
    $(document).ready(function() {
        var canvas = $('#myCanvas');
        var am = new AnimationManager(canvas);
        am.start();

        //If true play the animation
        var startButton = $("#startAnimation");
        var stopButton = $("#stopAnimation");

        stopButton.hide();
        //Toggle between playing the animation / pausing the animation
        startButton.click(function() 
        {
            $(this).hide();
            stopButton.show();
            am.run();
        });

        stopButton.click(function() 
        {
            $(this).hide();
            startButton.show();
            am.stop();
        });  
    });
</script>  

Aquí está el código de trabajo, gracias a T.J. Crowder para arreglar + publicación de blog interesante: Toma doble

Solución: los cambios en el código están marcados con // #########

var shapes = new Array();
shapes.push(new Shape(0,0,50,50,10));
shapes.push(new Shape(0,100,100,50,10));
shapes.push(new Shape(0,200,100,100,10));

/**
 *  AnimationManager class
 *  animate() runs the animation cycle
 */
var AnimationManager = function(canvas)
{
    this.canvas = canvas;
    this.canvasWidth = canvas.width();
    this.canvasHeight = canvas.height();
    this.ctx = canvas.get(0).getContext('2d');
    this.running = true;
    var me = this; //#################################Added this in    

    this.start = function(){
        this.running = true;
        this.animate();
    }

    /** Allow the animations to run */
    this.run = function(){
        this.running = true;

    } 
    /** Stop the animations from running */    
    this.stop = function(){
        this.running = false;
    }

    this.animate = function()
    {
        if(this.running)
        {
            this.update();
            this.clear();
            this.draw();
        }
        //###################### Now using me.animate()
        setTimeout(function(){
            me.animate(); 
        }, 40); //25 fps
    } 

    /** Update all of the animations */
    this.update = function()
    {
        for(var i in shapes)
        {
            shapes[i].moveRight();
        }
    }

    /** Clear the canvas */
    this.clear = function()
    {      
        this.ctx.clearRect(0,0, this.canvasWidth, this.canvasHeight);  
    }

    /** Draw all of the updated elements */
    this.draw = function()
    {       
        for(var i in shapes)
        {
            this.ctx.fillRect(shapes[i].x, shapes[i].y, shapes[i].w, shapes[i].h);
        }
    }
}