Así que estoy tratando de escribir un archivo .sh que sea ejecutable, así es como lo estoy escribiendo actualmente:

Writer output = null;

try {
  output = new BufferedWriter(new FileWriter(file2));
  output.write(shellScriptContent);
  output.close();
} catch (IOException ex) {
  Logger.getLogger(PunchGUI.class.getName()).log(Level.SEVERE, null, ex);
}

Así que escribe bien el archivo, pero no es ejecutable. ¿Hay alguna forma de cambiar el estado del ejecutable cuando lo escribo?

Edit: para aclarar más, estoy tratando de hacer que se ejecute de forma predeterminada, de modo que, por ejemplo, si hace doble clic en el archivo generado, se ejecutará automáticamente.