Documentando un error extraño de XCode 4 aquí para referencia futura:

"se encontraron uno o más archivos PCH, pero no eran válidos"

Cleaning no soluciona el problema, debe limpiar la carpeta de compilación manteniendo presionada la tecla ALT y seleccionando Producto en el menú. La entrada "Limpiar" ahora habrá cambiado a "Limpiar carpeta de compilación", que borrará los duplicados PCH defectuosos y compilará sin errores.