Los puntos de interrupción están siendo golpeados en el código Java, el proyecto se ejecuta como Debug, "Saltar todos los puntos de interrupción" está deshabilitado, los puntos de interrupción de línea (puntos azules) están en líneas en mis páginas JSP.

El resultado en la depuración del navegador web, así que sé que está llegando a la página correcta:

¿Por qué mis puntos de interrupción en las páginas JSP no están siendo alcanzados? No tengo problemas para hacer cambios y verlos reflejados en el navegador. Eclipse 4.6.2. WebSphere 8.5

Edita: No estoy seguro si esto está relacionado. Cuando intento iniciar mi servidor en Eclipse, dice

No se puede conectar al proceso del servidor. Asegúrese de que el servidor ya esté iniciado.

para que comience en Eclipse, tengo que hacer doble clic en el servidor y desmarcar:

Inicie un servidor con un script generado