He estado jugando con jqGrid durante mucho tiempo, pero nunca he profundizado en los detalles sobre el rendimiento.
No uso el formulario de búsqueda jqGrid incorporado porque prefiero tener mi propia barra de herramientas donde el usuario ingresa algunos datos que quiere filtrar.

Siempre he envuelto mi grilla en una función:

$(document).ready(function () {

    var myGrid = jQuery("#MyGrid");

    $("#cmdSearch").bind('click', function (e) {
        myGrid.GridUnload();
        LoadMyGrid($("#Filter1").val(), $("#Filter2").val())
    });

    function LoadMyGrid(param1, param2) {
        myGrid.jqGrid({
            url: 'myUrl',
            postData: { Param1: param1, Param2: param2 },
            datatype: 'json',
            mtype: 'POST',
            colNames: ['Column1', 'Column2'],
            colModel: [
                       { name: 'colum1', index: 'colum1', sortable: true, width: 100 },
                       { name: 'colum2', index: 'colum2', sortable: true, width: 100 }
                      ],
            pager: $('#MyPager'),
            rowList: [10, 50, 100],
            rowNum: 10,
            viewrecords: false,
            shrinkToFit: false,
            rownumbers: true,
            hidegrid: false,
            emptyrecords: "No records."
        });
    }
}); 

y lo descargó GridUnload) antes de recrearlo. Me preguntaba si esta es la mejor manera de hacerlo o si podría haber algunos problemas de rendimiento / memoria.