Tengo un paquete R que se acelera fácilmente usando OpenMP. Si su compilador lo admite, obtendrá la victoria, si no lo hace, los pragmas se ignorarán y obtendrá un núcleo.

Mi problema es cómo lograr que el sistema de compilación del paquete use las opciones y bibliotecas correctas del compilador. Actualmente tengo:

PKG_CPPFLAGS=-fopenmp
PKG_LIBS=-fopenmp

hardcoded en src / Makevars en mi máquina, y esto lo construye con soporte OpenMP. Pero produce una advertencia sobre las marcas del compilador no estándar en la verificación, y probablemente fallará en una máquina sin capacidades de OpenMP.

La solución parece ser usar configure y autoconf. Hay alguna información por aquí:

http: //cran.r-project.org/doc/manuals/R-exts.html#Using-Makevar

incluyendo un ejemplo complejo para compilar en la funcionalidad odbc. Pero no puedo ver cómo comenzar a ajustar eso para verificar openmp y libgomp.

Ninguno de los paquetes R que he visto en esa charla sobre el uso de openMP parece tener esto configurado tampoco.

Entonces alguien tiene un tutorial para configurar un paquete R con OpenMP?

[EDITAR

Puede que haya resuelto esto ahora. Tengo un script configure.ac y un Makevars.in con sustituciones @ FOO @ para las opciones del compilador. Pero ahora no estoy seguro del flujo de trabajo. Lo es

Ejecute "autoconf configure.in> configure; chmod 755 configure" si cambio el archivo configure.in. Hacer una compilación del paquete.En la instalación del paquete, el sistema ejecuta ./configure para mí y crea Makevars a partir de Makevars.in

Pero para ser claros, "autoconf configure.in> configure" no se ejecuta en la instalación del paquete, es simplemente un proceso de desarrollador para crear el script de configuración quee distribuido - ¿amirite?