Cómo vincular durante la compilación MEX de Matlab

Question

Feb 07, 2011, 06:58 PM

Cómo vincular durante la compilación MEX de Matlab

He escrito un programa de la siguiente forma:

#include "stuff_I_need.h"

int main(){

construct_array(); // uses OpenMP pragma's
print_array();

return(0);


}

que compila, enlaza y ejecuta correctamente con el siguiente comando:

`gcc44 -I/home/matteson/sundials/include/ main.c -lm -L/home/matteson/sundials/lib -lsundials_cvode -lsundials_nvecserial -fopenmp -o /home/matteson/MPI_test/CVODE_test/main_test`

"gcc44" es simplemente gcc versión 4.4 y se llama así porque se está compilando en un clúster que mantiene varias versiones de gcc. Las bibliotecas sundials_cvode y sundials_nvecserial se utilizan en la resolución de varias ecuaciones diferenciales durante la construcción de la matriz.

Ahora, cuando quiero transferir a Matlab e intentar compilar el archivo mex del formulario:

#include "stuff_I_need.h"

void mexFunction(int nlhs,mxArray* plhs[], int nrhs, const mxArray* prhs[]){

construct_array(); // uses OpenMP pragma's
print_array();

}

e intente compilar con el siguiente comando en Matlab:

>> mex -v CC="gcc44" CFLAGS="\$CFLAGS -I/home/matteson/sundials/include/ -fopenmp" LDFLAGS="\$LDFLAGS -fopenmp -L/home/matteson/sundials/lib -lsundials_cvode -lsundials_nvecserial" mex_cvode.c

Recibo los siguientes mensajes que culminan en un error de enlace:

    -> mexopts.sh sourced from directory (DIR = $HOME/.matlab/$REL_VERSION)
   FILE = /home/matteson/.matlab/R2010b/mexopts.sh
----------------------------------------------------------------
->    MATLAB                = /misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b
->    CC                    = gcc44
->    CC flags:
         CFLAGS             = -ansi -D_GNU_SOURCE  -fexceptions -fPIC -fno-omit-frame-pointer -pthread -I/home/matteson/sundials/include/ -L/home/matteson/sundials/lib -lsundials_cvode -L/home/matteson/sundials/lib -lsundials_nvecserial
         CDEBUGFLAGS        = -g
         COPTIMFLAGS        = -O -DNDEBUG
         CLIBS              = -Wl,-rpath-link,/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/bin/glnxa64 -L/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/bin/glnxa64 -lmx -lmex -lmat -lm -lstdc++
         arguments          =  -DMX_COMPAT_32
->    CXX                   = g++
->    CXX flags:
         CXXFLAGS           = -ansi -D_GNU_SOURCE -fPIC -fno-omit-frame-pointer -pthread
         CXXDEBUGFLAGS      = -g
         CXXOPTIMFLAGS      = -O -DNDEBUG
         CXXLIBS            = -Wl,-rpath-link,/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/bin/glnxa64 -L/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/bin/glnxa64 -lmx -lmex -lmat -lm
         arguments          =  -DMX_COMPAT_32
->    FC                    = g95
->    FC flags:
         FFLAGS             = -fexceptions -fPIC -fno-omit-frame-pointer
         FDEBUGFLAGS        = -g
         FOPTIMFLAGS        = -O
         FLIBS              = -Wl,-rpath-link,/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/bin/glnxa64 -L/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/bin/glnxa64 -lmx -lmex -lmat -lm
         arguments          =  -DMX_COMPAT_32
->    LD                    = gcc44
->    Link flags:
         LDFLAGS            = -pthread -shared -Wl,--version-script,/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/extern/lib/gln,xa64/mexFunction.map -Wl,--no-undefined -fopenmpofopenmp
         LDDEBUGFLAGS       = -g
         LDOPTIMFLAGS       = -O
         LDEXTENSION        = .mexa64
         arguments          = 
->    LDCXX                 = 
->    Link flags:
         LDCXXFLAGS         = 
         LDCXXDEBUGFLAGS    = 
         LDCXXOPTIMFLAGS    = 
         LDCXXEXTENSION     = 
         arguments          = 
----------------------------------------------------------------


Warning: You are using gcc version "4.4.4".  The version
         currently supported with MEX is "4.3.4".
         For a list of currently supported compilers see: 
         http://www.mathworks.com/support/compilers/current_release/

-> gcc44 -c  -I/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/extern/include -I/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/simulink/include -DMATLAB_MEX_FILE -ansi -D_GNU_SOURCE  -fexceptions -fPIC -fno-omit-frame-pointer -pthread -I/home/matteson/sundials/include/ -L/home/matteson/sundials/lib -lsundials_cvode -L/home/matteson/sundials/lib -lsundials_nvecserial  -DMX_COMPAT_32 -O -DNDEBUG  "mex_cvode.c"

-> gcc44 -O -pthread -shared -Wl,--version-script,/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/extern/lib/glnxa64/mexFunction.map -Wl,--no-undefined -fopenmpofopenmp -o  "mex_cvode.mexa64"  mex_cvode.o  -Wl,-rpath-link,/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/bin/glnxa64 -L/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/bin/glnxa64 -lmx -lmex -lmat -lm -lstdc++

mex_cvode.o: In function `mexFunction':
mex_cvode.c:(.text+0x2b2): undefined reference to `N_VNew_Serial'
mex_cvode.c:(.text+0x2db): undefined reference to `N_VNew_Serial'
mex_cvode.c:(.text+0x35b): undefined reference to `CVodeCreate'
mex_cvode.c:(.text+0x39c): undefined reference to `CVodeInit'
mex_cvode.c:(.text+0x3dd): undefined reference to `CVodeSVtolerances'
mex_cvode.c:(.text+0x412): undefined reference to `CVodeSetUserData'
mex_cvode.c:(.text+0x449): undefined reference to `CVDense'
mex_cvode.c:(.text+0x482): undefined reference to `CVDlsSetDenseJacFn'
mex_cvode.c:(.text+0x50c): undefined reference to `CVode'
mex_cvode.c:(.text+0x5b4): undefined reference to `N_VDestroy_Serial'
mex_cvode.c:(.text+0x5c0): undefined reference to `N_VDestroy_Serial'
mex_cvode.c:(.text+0x5cc): undefined reference to `CVodeFree'
collect2: ld returned 1 exit status

    mex: link of ' "mex_cvode.mexa64"' failed.

??? Error using ==> mex at 208
Unable to complete successfully.

De alguna manera, no estoy dando las banderas correctas para vincular adecuadamente. A medida que obtengo el mismo conjunto de errores (además de algunos más) si elimino los comandos para vincular en el comando gcc44, estoy bastante seguro de que no estoy obteniendo el compilador para "ver" las bibliotecas.

Mis preguntas son:

Si mi análisis del error es correcto, ¿qué indicadores debo pasar al comando de compilación mex para vincular con éxito?Alternativamente, ¿cuáles son los indicadores gcc para compilar y vincular fuera del entorno de Matlab para compilar un ejecutable .mex64?Si mi análisis es incorrecto, ¿a dónde ir desde aquí?

Creo que he descartado la advertencia de compilador no compatible, ya que he podido compilar mex simples con programas OpenMP usando gcc 4.4, pero estos no tenían que vincularse con nada excepto la biblioteca matemática. Además, si compilo con la versión gcc versión 4.1.2 o 4.3.4 con o sin los indicadores "-fopenmp" me sale el mismo error.

Al final necesito la versión 4.4 debido a cierto soporte de OpenMP que no apareció en versiones anteriores.

Gracias de antemano por la ayuda.

--Andrés

Ediciones: (@KWATFORD)

Así que probé el comando con las declaraciones fuera de las comillas, y obtuve el error:

-> gcc44 -c  -I/home/matteson/sundials/include/ -I/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/extern/include -I/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/simulink/include -DMATLAB_MEX_FILE -ansi -D_GNU_SOURCE  -fexceptions -fPIC -fno-omit-frame-pointer -pthread -fopenmp  -DMX_COMPAT_32 -O -DNDEBUG  "mex_cvode.c"

-> gcc44 -O -pthread -shared -Wl,--version-script,/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/extern/lib/glnxa64/mexFunction.map -Wl,--no-undefined -fopenmp -o  "mex_cvode.mexa64"  mex_cvode.o  -L/home/matteson/sundials/lib -lsundials_cvode -lsundials_nvecserial -Wl,-rpath-link,/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/bin/glnxa64 -L/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/bin/glnxa64 -lmx -lmex -lmat -lm -lstdc++

/usr/bin/ld: /home/matteson/sundials/lib/libsundials_cvode.a(cvode.o): relocation R_X86_64_32 against `a local symbol' can not be used when making a shared object; recompile with -fPIC
/home/matteson/sundials/lib/libsundials_cvode.a: could not read symbols: Bad value
collect2: ld returned 1 exit status

    mex: link of ' "mex_cvode.mexa64"' failed.

??? Error using ==> mex at 208
Unable to complete successfully.

Estoy un poco confundido acerca de la sugerencia de recompilar con "-fPIC" porque cuando miro el comando gcc44 veo el -fPIC como una opción.

¿Están diciendo que recompile la biblioteca con -fPIC?

No tengo la fuente de la biblioteca, si la sugerencia es volver a compilar la biblioteca, ¿hay alguna solución?

¿Qué significa "reubicación contra objeto local"?

Mi continuo agradecimiento.