Estoy al tanto de preguntas similares en WiX MSI, pero tengo problemas para iniciar una aplicación dentro de un archivo EXE bootstrapper creado conQuemar después de la instalación. Mi paquete completo está abajo.

Si hay alguna diferencia en el escenario, el bootstrapper se inicia en modo pasivo, por lo que el usuario no debería tener que presionar nada.

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<Wix xmlns="http://schemas.microsoft.com/wix/2006/wi"
     xmlns:bal="http://schemas.microsoft.com/wix/BalExtension"
     xmlns:util="http://schemas.microsoft.com/wix/UtilExtension">

    <Bundle Name="My Company AutoUpdater"
            Version="1.0.11"
            Manufacturer="My Company"
            UpgradeCode="--GUID--">

        <BootstrapperApplicationRef Id="WixStandardBootstrapperApplication.HyperlinkLicense">

            <bal:WixStandardBootstrapperApplication SuppressOptionsUI="yes"
                                                    LicenseUrl=""
                                                    LogoFile="logo.png" />
        </BootstrapperApplicationRef>

        <Chain>
            <MsiPackage SourceFile="..\App1\bin\Release\App1.msi" />
            <MsiPackage SourceFile="..\App2\bin\Release\App2.msi" />
        </Chain>
    </Bundle>

    <Fragment>
        <Property Id="WixShellExecTarget" 
                  Value="[#C:\Program Files (x86)\My Company\App1.exe]" />

        <Binary Id="MyCA"
                SourceFile="[#C:\Program Files (x86)\My Company\App1.exe]"/>

            <CustomAction Id="LaunchApplication"
                          BinaryKey="MyCA"
                          ExeCommand="-switch"
                          Execute="deferred"
                          Return="check"
                          HideTarget="no"
                          Impersonate="no" />

            <InstallExecuteSequence>
                <Custom Action="LaunchApplication" 
                        After="InstallFiles" />
            </InstallExecuteSequence>
    </Fragment>
</Wix>