He iniciadoMyFirebaseInstanseIdService para obtenertoken, directamente te mostraré el código:

    @Override
    public void onTokenRefresh() {
        super.onTokenRefresh();
        String refreshedToken = FirebaseInstanceId.getInstance().getToken();


        storeRegIdInPref(refreshedToken);


        sendRegistrationToServer(refreshedToken);


        Intent registrationComplete = new Intent(Config.REGISTRATION_COMPLETE);
        registrationComplete.putExtra("token", refreshedToken);
        LocalBroadcastManager.getInstance(this).sendBroadcast(registrationComplete);
    }

    private void sendRegistrationToServer(final String token) {
        // sending gcm token to server
        Log.e(TAG, "sendRegistrationToServer: " + token);
    }

    private void storeRegIdInPref(String token) {
        SharedPreferences pref = getApplicationContext().getSharedPreferences(Config.SHARED_PREF, 0);
        SharedPreferences.Editor editor = pref.edit();
        editor.putString("regId", token);
        editor.commit();
    }

Mi manifiesto.xml:

<service android:name=".services.MyFirebaseMessagingService">
        <intent-filter>
            <action android:name="com.google.firebase.MESSAGING_EVENT" />
        </intent-filter>
    </service>

    <service android:name=".services.MyFirebaseInstanceIdService">
        <intent-filter>
            <action android:name="com.google.firebase.INSTANCE_ID_EVENT" />
        </intent-filter>
    </service>

Traté de obtener token a través de broadCast en mi actividad también con preferencias compartidas, pero parece que esta clase no se invocó.

En milog veo esas líneas:

D/FirebaseApp: com.google.firebase.auth.FirebaseAuth is not linked. Skipping initialization.
D/FirebaseApp: com.google.firebase.crash.FirebaseCrash is not linked. Skipping initialization.

y esto

I/FirebaseInitProvider: FirebaseApp initialization successful