Tengo un proyecto web Java que implementamos en el servidor de dos clientes diferentes, el 99% del código es el mismo, en este momento tengo dos ApplicationBuilders, que es la clase que contiene la personalización para cada cliente.

Cada vez que quiero implementar la nueva versión, tengo que comentar manualmente una línea, construir (con maven), descomentar esa línea, comentar la otra y compilar nuevamente.

public class ApplicationBuilderFactory {
    private static final IApplicationBuilder app;

    static {
//            app = new Customer1ApplicationBuilder()
            app = new Customer2ApplicationBuilder();
        }
    }

    public static IApplicationBuilder get() { return app; }
}

Quiero evitar todo esto y lo mejor probablemente crearía dos guerras diferentes.

¿Cuál es una buena manera de hacer esto? No uso (ni me gusta) marcos de inyección de dependencia y parece excesivo agregar uno solo para una sola clase, pero puedo considerarlo.