Numpy intersect1d con matriz con matriz como elementos

Tengo dos matrices, una de la forma(200000, 28, 28) y el otro de la forma(10000, 28, 28), entonces prácticamente dos matrices con matrices como elementos. Ahora quiero contar y obtener todos los elementos (en el formulario(N, 28, 28)), que se superponen en ambas matrices. Con lo normal para bucles es muy lento, así que lo probé con el método numpys intersect1d, pero no sé cómo aplicarlo en este tipo de matrices.

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