Gráfico de barras de ggplot: cómo mostrar números positivos pequeños con el eje y escalado de registro
Problema principal: quiero mostrar los datos de 0 a 1.0 como una barra hacia arriba (a partir de 0) pero no quiero que los intervalos estén igualmente espaciados sino espaciados logarítmicamente.
Estoy tratando de mostrar la columna etiquetada como "media" en el conjunto de datos a continuación como un gráfico de barras en ggplot, pero como los números son muy pequeños, me gustaría mostrar el eje y en una escala logarítmica en lugar de transformar los datos en sí. En otras palabras, quiero tener barras verticales con etiquetas de eje y como 0, 1e-8, 1e-6 1e-4 1e-2 y 1e-0 (es decir, de 0 a 1.0 pero los intervalos están escalados).
La solución a continuación no funciona ya que las barras están invertidas.
> print(df)
type mean sd se snp
V7 outer 1.596946e-07 2.967432e-06 1.009740e-08 A
V8 outer 7.472417e-07 6.598652e-06 2.245349e-08 B
V9 outer 1.352327e-07 2.515771e-06 8.560512e-09 C
V10 outer 2.307726e-07 3.235821e-06 1.101065e-08 D
V11 outer 4.598375e-06 1.653457e-05 5.626284e-08 E
V12 outer 5.963164e-07 5.372226e-06 1.828028e-08 F
V71 middle 2.035414e-07 3.246161e-06 1.104584e-08 A
V81 middle 9.000131e-07 7.261463e-06 2.470886e-08 B
V91 middle 1.647716e-07 2.875840e-06 9.785733e-09 C
V101 middle 3.290817e-07 3.886779e-06 1.322569e-08 D
V111 middle 6.371170e-06 1.986268e-05 6.758752e-08 E
V121 middle 8.312429e-07 6.329386e-06 2.153725e-08 F
El siguiente código genera correctamente el diagrama de barras agrupado con barras de error
ggplot(data=df, aes(x=snp,y=mean,fill=type))+
geom_bar(stat="identity",position=position_dodge(),width=0.5) +
geom_errorbar(aes(ymin=mean-se, ymax=mean+se),width=.3, position=position_dodge(.45))
Sin embargo, quiero escalar el registro del eje y, así que agrego scale_y_log10 () de la siguiente manera:
ggplot(data=df, aes(x=snp,y=mean,fill=type))+
geom_bar(stat="identity",position=position_dodge(),width=0.5) + scale_y_log10() +
geom_errorbar(aes(ymin=mean-se, ymax=mean+se),width=.3, position=position_dodge(.45))
Pero, extrañamente, las barras se están cayendo desde arriba, pero simplemente quiero que suban (como normalmente) y no sé qué estoy haciendo mal.
Gracias