Cómo desencadenar código php, en Javascript si condición

Bien, lo que estoy tratando de hacer es activar el código PHP, solo cuando la condición if es verdadera (en javascript), entiendo que php es del lado del servidor, y javascript es del lado del cliente. La inclusión del código php funciona a la perfección, excepto en 1 cosa, se activa en la carga de la página, no cuando ocurre la condición if. Si puedes ayudarme a hacer esto, te lo agradeceré. Quiero que el archivo php se incluya SOLAMENTE cuando la condición if sea verdadera

gracias por adelantado

Aquí está el código que estoy usando:

<html>
    <script src="//cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/visibility.js/0.5/visibility.min.js"></script>
    <script src="//ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.8.0/jquery.min.js" type="text/javascript"></script>
<script>
var seconds=20;
var flag=false;


$(document).ready(function(){
if (!flag)
Visibility.every(1000, tick);



function tick()
{
      display();

        if (seconds>0)
        {
         seconds--;
        }
        else
        {
          if (!flag){
          document.getElementById('more').innerHTML +="<?php include_once('Code.php'); 
          ?>";
          document.getElementById('more').style.visibility='visible';
          flag=true;
          }
        }
}
function display()
{
   $("#timer").html(seconds);
}
});
</script>
<div id="TrafficHeader" style="height:100px; background-color:grey; padding:20px;">
<div id="timer"></div>
<div id="more" style="visibility: hidden;"><a href="http://www.double-it.com/Traffic/index.php">View Next Ad</a></div></div>
<iframe id="myframe" src="<?php echo ''.$URL;?>" height="100%" width="100%" frameborder="0">
</iframe>
</body>
</html>

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