En jsonSchema puede indicar si los campos definidos son obligatorios o no utilizando el atributo "requerido":

{
    "$schema": "http://json-schema.org/draft-04/schema#",
    "type": "object",
    "properties": {
        "header": {
            "type": "object",
            "properties": {
                "messageName": {
                    "type": "string"
                },
                "messageVersion": {
                    "type": "string"
                }
            },
            "required": [
                "messageName",
                "messageVersion"
            ]
        }
    },
    "required": [
        "header"
    ]
}

En ciertos casos, me gustaría quemensajeVersión El campo no debe ser obligatorio. ¿Hay alguna forma de hacer que la obligatoriedad de este campo sea condicional?