Estamos actualizando a mysql 5.7 y descubrimos que es mucho más lento que su contraparte 5.6. Si bien ambos tienen una configuración casi idéntica, la versión 5.6 ejecuta la mayoría de los sqls en milisegundos, mientras que el otro toma alrededor de 1 segundo o más para un sql complejo medio como el siguiente, por ejemplo.

-- Getting most recent users that are email-verified and not banned 

SELECT
    `u`.*
FROM
    `user` AS `u`
INNER JOIN `user` user_table_alias ON user_table_alias.`id` = `u`.`id`
LEFT JOIN `user_suspend` user_suspend_table_alias ON user_suspend_table_alias.`userId` = `user_table_alias`.`id`
WHERE
    (
        `user_suspend_table_alias`.`id` IS NULL
    )
AND 
    `user_table_alias`.`emailVerify` = 1

ORDER BY
    `u`.`joinStamp` DESC
LIMIT 1, 18

Ambas tablas son bastante simples y están bien indexadas:

-- ----------------------------
-- Table structure for user
-- ----------------------------
DROP TABLE IF EXISTS `user`;
CREATE TABLE `user` (
  `id` int(11) NOT NULL AUTO_INCREMENT,
  `email` varchar(128) NOT NULL DEFAULT '',
  `username` varchar(32) NOT NULL DEFAULT '',
  `password` varchar(64) NOT NULL DEFAULT '',
  `joinStamp` int(11) NOT NULL DEFAULT '0',
  `activityStamp` int(11) NOT NULL DEFAULT '0',
  `accountType` varchar(32) NOT NULL DEFAULT '',
  `emailVerify` tinyint(2) NOT NULL DEFAULT '0',
  `joinIp` int(11) unsigned NOT NULL,
  `locationId` int(11) DEFAULT NULL,
  PRIMARY KEY (`id`),
  UNIQUE KEY `email` (`email`),
  UNIQUE KEY `username` (`username`),
  KEY `accountType` (`accountType`),
  KEY `joinStamp` (`joinStamp`),
  KEY `activityStamp` (`activityStamp`)
) ENGINE=MyISAM AUTO_INCREMENT=89747 DEFAULT CHARSET=utf8 COMMENT='utf8_general_ci';

-- ----------------------------
-- Table structure for user_suspend
-- ----------------------------
DROP TABLE IF EXISTS `user_suspend`;
CREATE TABLE `user_suspend` (
  `id` int(11) NOT NULL AUTO_INCREMENT,
  `userId` int(11) DEFAULT NULL,
  `timestamp` int(11) DEFAULT NULL,
  `message` text NOT NULL,
  `expire` int(11) DEFAULT NULL,
  PRIMARY KEY (`id`),
  UNIQUE KEY `userId` (`userId`)
) ENGINE=MyISAM AUTO_INCREMENT=513 DEFAULT CHARSET=utf8;

Las tablas tienen alrededor de 100K y 1K filas respectivamente. Noté dos comportamientos interesantes que me gustaría "arreglar":

¡Eliminar ORDER BY hace que el tiempo de ejecución sea de ~ 1.2 segundos a 0.0015 segundos!Mysql 5.7 no almacena en caché el sql

Nota: tenemos consulta de caché:

MOSTRAR ESTADO COMO 'Qcache%'

Qcache_free_blocks  19408
Qcache_free_memory  61782816
Qcache_hits 31437169
Qcache_inserts  2406719
Qcache_lowmem_prunes    133483
Qcache_not_cached   43555
Qcache_queries_in_cache 41691
Qcache_total_blocks 103951

Busqué en Google y descubrí muchos problemas reportados en 5.7, pero no entiendo por qué este comportamiento extraño en este sql (todavía hay muchos otros sqls que se ejecutan mucho más lentamente en 5.7).

Aquí está el EXPLICAR, sugerido por Neville K:

id  select_type     table               partitions  type        possible_keys   key         key_len     ref rows filtered Extra
1   SIMPLE      user_table_alias        NULL        ALL         PRIMARY     NULL        NULL        NULL 104801 10.00 Using where; Usingtemporary; Usingfilesort
1   SIMPLE      u               NULL        eq_ref      PRIMARY     PRIMARY     4       knn.base_user_table_alias.id 1 100.00 NULL
1   SIMPLE      user_suspend_table_alias    NULL        ref         userId userId           5       knn.base_user_table_alias.id 1 10.00 Using where;