Estoy escribiendo una clase S4 llamadaExpression y me gustaría incluir un objeto S4,DESeq2 = "DESeqDataSet" como una ranura:

setClass(
Class = "Expression",
representation = representation (
    species = "character", 
    edgeR = "DGEList",
    DESeq2 = "DESeqDataSet",
    lengths = "matrix",
    individuals = "vector",
    treatments = "vector",
    id = "vector",
    samples = "vector",
    sample_prep = "vector",
    genome_type = "vector",
    molecule_type = "vector",
    blast_hit =  "vector",
    rRNA = "vector",
    protein = "vector"
))

Sin embargo, cuando reviso el paquete, aparece la siguiente Advertencia:

Found the following significant warnings:
  Warning: undefined slot classes in definition of "Expression": DESeq2(class "DESeqDataSet")

La clase funciona bien (es decir, ahora hay errores), pero me gustaría corregir todas las advertencias en nuestro código.

El paquete con elDESeqDataSet objeto (DESeq2, también el nombre que le hemos dado a la ranura) se importa en el paqueteDESCRIPTION archivo. ¿Debo hacer algo más para que su contenido esté disponible para su uso en una ranura? Por ejemplo, he usadosetOldClass() para hacer que las clases S3 estén disponibles para su uso en ranuras S4.

Aquí hay un ejemplo de una construcción travis-ci que arroja la advertencia:https://travis-ci.org/caseywdunn/agalmar/builds/138564256

El código completo que está dando el problema está enhttps://github.com/caseywdunn/agalmar/blob/a7c4013fcb5c924cfd6e1aa8e99f182ceec6fe20/R/utility_functions.R