Estoy estudiando los patrones de distribución de las ballenas alrededor de estructuras específicas de los fondos marinos. Estoy tratando de crear untrama interactiva en 3D mostrando al mismo tiempo:

batimetría como superficie (x = longitud,y = latitud,z = profundidad), yubicación geográfica de los grupos de ballenas (x = longitud,y = latitud,z = profundidad fija -30 metros por ejemplo).

Las coordenadas se proyectan en un sistema de coordenadas UTM.

Normalmente trabajo con R y elggplot2 paquete para producir figuras. Aquí elplotly El paquete parecía una buena opción.

Empecé con una trama de batimetríabathy_ras y un marco de datos de puntospoints.

> bathy_ras
class       : RasterLayer 
dimensions  : 784, 821, 643664  (nrow, ncol, ncell)
resolution  : 102, 111  (x, y)
extent      : 755070, 838812, -2612148, -2525124  (xmin, xmax, ymin, ymax)
coord. ref. : +proj=utm +zone=58S +datum=WGS84 +ellps=WGS84 +towgs84=0,0,0 
data source : in memory
names       : bathymetry 
values      : -1949.42, -34.27859  (min, max)
> str(points)
'data.frame':   214 obs. of  3 variables:
 $ x: num  774264 777293 775476 773430 773284 ...
 $ y: num  -2534165 -2533556 -2531012 -2532904 -2533695 ...
 $ z: num  -30 -30 -30 -30 -30 -30 -30 -30 -30 -30 ...

No puedo encontrar una manera de combinar mis dos conjuntos de datos en el mismo gráfico / mismo eje. Probé dos métodos pero ninguno me dio el resultado que quería.

1)Crear la trama en Rstudio usando el paquete plotly.

#convert raster into a matrix of bathymetry values
bathy_matrix <- as.matrix(bathy_ras)
> str(bathy_matrix)
  num [1:784, 1:821] -362 -365 -367 -369 -371 ...

#create interactive plot
p <- plot_ly(z=bathy_matrix, type="surface",showscale=FALSE)
#this works fine, it get a 3D interactive surface plot of the seabed

#but if I try to add the "points" layer it doesn't show on the plot
p <- plot_ly(z=bathy_matrix, type="surface",showscale=FALSE) %>%
  add_trace(x = gp_seamounts_df$utmx, y = gp_seamounts_df$utmy, z = gp_seamounts_df$z, type = "scatter3d", mode = "markers", showscale=FALSE, opacity=0.98)

2)Crear la trama completamente desde el sitio web de plotly. Primero convertí el ráster "bathy_ras" en una matriz que contiene todos los puntos de coordenadas (x, y) y profundidad z

#convert raster into a dataframe 
bathy_df <- as.data.frame(coordinates(bathy_ras))
bathy_df$z <- values(bathy_ras)
> str(bathy_df)
'data.frame':   643664 obs. of  3 variables:
 $ x: num  755121 755223 755325 755427 755529 ...
 $ y: num  -2525179 -2525179 -2525179 -2525179 -2525179 ...
 $ z: num  -362 -361 -360 -359 -358 ...

Creé una cuenta de plotly. Importé dos marcos de datos como archivos .txt en mi cuenta de plotly:bathy_df ypoints.

Esto crea dos cuadrículas en la cuenta de ploteo. Puedo escribir fácilmente dos gráficos 3D separados para estos dos marcos de datos: uno es un gráfico de superficie (que se muestra a continuación), el otro es un diagrama de dispersión. Intenté incluir el diagrama de dispersión en el gráfico de superficie como un nuevo rastro después de este tutorial (http://help.plot.ly/update-a-graphs-data/) pero la opción "insertar en" parece no estar disponible si el diagrama de dispersión está en 3D.gráfico de superficie producido desde la interfaz web de plotly

¿Es posible combinar unscatter3D y una parcela de superficie enplotly?

nb: lo intentéraster::persp en combinaison conpoints() pero no estoy muy satisfecho con la estética general del diagrama de superficie, por eso preferiría hacer esto conplotly y / oggplot2.