Aquí está el archivo de configuración para MySQL:

<hibernate-configuration>
  <session-factory>
    <property name="hibernate.connection.driver_class">org.gjt.mm.mysql.Driver</property>
    <property name="hibernate.connection.url">jdbc:mysql://localhost/test</property>
    <property name="hibernate.connection.username">root</property>
    <property name="hibernate.connection.password">zgy01</property>
    <property name="hibernate.connection.pool_size">100</property>
    <property name="show_sql">false</property>
    <property name="dialect">org.hibernate.dialect.MySQLDialect</property>

    <!-- Mapping files -->
    <mapping resource="model.hbm.xml"/>

  </session-factory>
</hibernate-configuration>

¿Qué especificar para SQL Server 2005? Lo hice así:

<hibernate-configuration>
  <session-factory>
    <property name="hibernate.connection.driver_class">org.gjt.mm.mysql.Driver</property>
    <property name="hibernate.connection.url">com.microsoft.sqlserver.jdbc.SQLServerDriver</property>
    <property name="hibernate.connection.username">sa</property>
    <property name="hibernate.connection.password">lal</property>
    <property name="dialect">org.hibernate.dialect.SQLServerDialect</property>

    <property name="hibernate.connection.pool_size">100</property>        
    <property name="show_sql">false</property>

    <!-- Mapping files -->
    <mapping resource="model.hbm.xml"/>

  </session-factory>
</hibernate-configuration>

Mi pregunta más precisa es cómo especificar la base de datos a la que me tengo que conectar.

En MySQL solía hacer esto:

<property name="hibernate.connection.url">jdbc:mysql://localhost/test</property>