¡¡RESUELTO!!

Vea mi solución a continuación, en caso de que esta pregunta ayude a otros en el futuro.

Error

Como se describe en el título, me falla. El error que recibo cuando intentoinstall.packages('rJava') desde adentro R es (con algunas comprobaciones anteriores):

checking whether JNI programs can be compiled... yes
checking JNI data types... configure: error: One or more JNI types differ from the corresponding native type. You may need to use non-standard compiler flags or a different compiler in order to fix this.
ERROR: configuration failed for package ‘rJava’
* removing ‘/usr/local/lib/R/3.2/site-library/rJava’

Intentos de arreglos

He comprobado y probado las siguientes resoluciones, ninguna de las cuales funcionó para mí:

sudo R CMD javareconf

más detallado sudo R CMD javareconf

export JAVA_HOME, sin embargo, en este caso, no hice LD_LIBRARY_PATH, ya que no parecía relevante para una Mac.

No hay suerte, con ninguno de estos intentos.

I tenía previamente teníarJava (yRJDBC) instalado correctamente.

[Editar: Más tarde descubrí que el problema real era actualizar a OS X 10.11, El Capitan.]

Configuración

$ java -version
java version "1.8.0_45"

> R.Version()
$platform
[1] "x86_64-apple-darwin15.0.0"
$version.string
[1] "R version 3.2.2 (2015-08-14)"

Mac OS en sí mismo:

System Version: OS X 10.11.1 (15B42)