BEHOBEN!

Siehe meine Lösung unten, falls diese Frage anderen in Zukunft hilft.

Erro

Wie der titel schon sagt, scheitert es bei mir. Der Fehler, den ich erhalte, wenn ich versuche,install.packages('rJava') von innen R ist (mit einigen vorangegangenen guten Prüfungen):

checking whether JNI programs can be compiled... yes
checking JNI data types... configure: error: One or more JNI types differ from the corresponding native type. You may need to use non-standard compiler flags or a different compiler in order to fix this.
ERROR: configuration failed for package ‘rJava’
* removing ‘/usr/local/lib/R/3.2/site-library/rJava’

Fix Versuche

Ich habe die folgenden Auflösungen überprüft und ausprobiert, von denen keine für mich funktioniert hat:

sudo R CMD javareconf

mehr detaillierte sudo R CMD javareconf

export JAVA_HOME, in diesem Fall habe ich jedoch LD_LIBRARY_PATH nicht ausgeführt, da dies für einen Mac nicht relevant schien.

Nein solches Glück, mit einem dieser Versuche.

I hätte hatte vorherrJava (undRJDBC) richtig installiert.

[Bearbeiten: Ich habe später herausgefunden, dass das eigentliche Problem ein Upgrade auf OS X 10.11, El Capitan, war.]

Aufba

$ java -version
java version "1.8.0_45"

> R.Version()
$platform
[1] "x86_64-apple-darwin15.0.0"
$version.string
[1] "R version 3.2.2 (2015-08-14)"

Mac OS selbst:

System Version: OS X 10.11.1 (15B42)