ejecutar chroot dentro de la ventana acoplable

Tengo una aplicación comercial, que se envía en un entorno chroot: el script de inicio está haciendo el chroot e iniciando el exe.

La aplicación es bastante compleja, y también para fines de soporte, no quiero cambiar todo el entorno.

¿Es posible ejecutar chroot e iniciar el servicio en Docker? ¿O son los dos incompatibles?