Me gustaría que todos los archivos se registren en una rama privada y solo esos archivos se registren.

¿Qué especificaciones de configuración recomendarías?

Digamosprvt es la sucursal privada:

element * .../prvt/LATEST

Funcionaría eso?

¿Qué pasa si quiero cargar solo aquellos elementos que se ramifican solo en prvt branch y no cualquier otro elemento como supongo?

element /myVob/myPath /main/LATEST
element /myVob /main/LATEST

podría obtener archivos que se ramifican desde la última versión principal también en el directorio myPath. Pero esto es muy útil solo para directorios, ya que no habría ramificado los directorios del elemento de archivo verificado en la rama privada