Estoy usando el código depágina. Funciona muy bien y obtengo un círculo que estoy buscando. Toda mi imagen tiene solo 1 círculo y he modificado parámetros deHoughCircles() tal que el código devuelve solo 1 círculo.

¿Cómo puedo recortar mi imagen original para que la nueva imagen tenga solo el círculo (y el área dentro de ella) y guardar la nueva imagen como un archivo JPEG o PNG?

Según el código original, el centro del círculo viene dado por

(cvRound(circles[1][0]), cvRound(circles[1][1]));

y el radio está dado por

cvRound(circles[1][2]);