Problema al usar transiciones + cambio de opacidad + desbordamiento oculto

Si ve el ejemplo de código que he compartido, puede ver que la superposición sale de la caja. Rastreé el problema hasta eltransition atributo.

Quiero eliminar el contenido fuera del div. El desbordamiento no funciona como se supone que debe hacerlo. (eliminandotransition funciona, pero me gustaría mantenerlo si es posible)

Cualquier ayuda es apreciada

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CÓDIGO

var timer = setInterval(function() {
  document.querySelector(".qs-timer-overlay").style.opacity = (document.querySelector(".qs-timer-overlay").style.opacity * 1) + 0.1;
  if (document.querySelector(".qs-timer-overlay").style.opacity * 1 == 1) {
    clearInterval(timer);
  }
}, 1000);
.qs-main-header .qs-timer {
  padding: 13px 10px;
  min-width: 130px;
  text-align: center;
  display: inline-block;
  background-color: #dd8b3a;
  color: #FFF;
  font-size: 20px;
  border-radius: 50px;
  text-transform: uppercase;
  float: right;
  cursor: pointer;
  position: relative;
  overflow: hidden;
}
.qs-main-header .qs-timer-overlay {
  z-index: 1;
  width: 10%;
  max-width: 100%;
  position: absolute;
  height: 100%;
  top: 0;
  left: 0;
  background-color: #c7543e;
  opacity: 0.0;
  /* border-radius: 50px 50px 0px 50px; */
}
.qs-main-header .qs-timer-content {
  z-index: 2;
  position: relative;
}
.scale-transition {
  -webkit-transition: all 1s;
  transition: all 1s;
}
<div class="qs-main-header">
  <div class="qs-timer scale-transition ng-hide" ng-show="visibility.timer">
    <div class="scale-transition qs-timer-overlay"></div>
    <div class="qs-timer-content ng-binding">0 <span class="ng-binding">Sec(s)</span>
    </div>
  </div>
</div>

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