Eclipse propiedades de Java incorrectas codificación UTF-8

Tengo un proyecto JavaEE, en el que uso archivos de propiedades de mensajes. La codificación de esos archivos se establece en UTF-8. En el archivo utilizo las diéresis alemanas comoä, ö, ü. El problema es que a veces esos caracteres se reemplazan con unicode como\uFFFD\uFFFD, pero no para todos los personajes. Ahora, tengo un caso dondeä yü ambos son reemplazados por\uFFFD\uFFFD, pero no por cada ocurrencia deä yü.

El Git diff me muestra algo como esto:

 mail.adresses=E-Mail hinzufügen:
-mail.adresses.multiple=E-Mails durch Kommata getrennt hinzufügen.
+mail.adresses.multiple=E-Mails durch Kommata getrennt hinzuf\uFFFD\uFFFDgen.
 mail.title=Einladungs-E-Mail
 box.preview=Vorschau
 box.share.text=Sie können jetzt die ausgewählten Bilder mit Ihren Freunden teilen.
@@ -6880,7 +6880,7 @@ browser.cancel=Abbrechen
 browser.selectImage=übernehmen
 browser.starImage=merken
 browser.removeImage=Löschen
-browser.searchForSimilarImages=ähnliche
+browser.searchForSimilarImages=\uFFFD\uFFFDhnliche
 browser.clear_drop_box=löschen

Además, hay líneas cambiadas, que no he tocado. No entiendo por qué tengo ese comportamiento. ¿Cuál podría ser la causa del problema anterior?

Mi sistema:

Antergos / Arch Linux

Sistema de codificación UTF-8

Python 3.5.0 (default, Sep 20 2015, 11:28:25) 
[GCC 5.2.0] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import sys
>>> sys.getdefaultencoding()
'utf-8'

Eclipse Mars 1

Codificación de archivo de texto UTF-8Archivo de propiedades que codifica UTF-8Tomcat 8Java JDK 8

Si uso otro editor comoÁtomo para editar esos archivos de propiedades de mensajes, no me encontré con este problema.

También me di cuenta en un caso, si copio el valor originalbrowser.searchForSimilarImages=ähnliche de Git diff y reemplazar el valor incorrectobrowser.searchForSimilarImages=\uFFFD\uFFFDhnliche en Eclipse con eso, entonces tengo las diéresis correctas en el archivo de propiedades del mensaje.

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