El diálogo "Ejecutar aplicación" de Android Studio no aparece en un proyecto, pero sí en otro

Estoy jugando con Android Studio haciendo una aplicación muy simple y muy estúpida para aprender a guardar las preferencias clave y me encontré con un obstáculo extraño. Trataré de proporcionar todo lo que pueda, ya que puede ser difícil reproducir este error, pero sinceramente, ambas aplicaciones que estoy ejecutando sonsuper básico y ahísin errores de compilación.

Especificaciones: Sin emulador, estoy ejecutando unSamsung Galaxy Tablet. Windows 7, Android Studio 1.2, Gradle 2.2.1.

En el título de la pregunta, quiero decir que tengo un proyecto llamadoBote (Casi hola mundo y un botón). Hago clic en Ejecutar -> 'Ejecutar aplicación' -> (se abre el cuadro de diálogo) -> Aceptar-> En unos instantes, la aplicación se inicia en mi tableta.

^^^ ESTA ES LA PANTALLA HERMOSA QUE QUIERO VERPreferencias compartidas, pero solo está enbote.

Ahora comencé otro proyecto llamadoPreferencias compartidas (esencia: dos casillas de verificación le preguntan "¿le gusta el chocolate" y "¿le gusta Luigi?" y marca una, ninguna o ambas y presiona Guardar. Dos vistas de texto debajo se actualizarán para decir si le gustan esas cosas e incluso más tarde si vuelve a abrir el aplicación, las vistas de texto recordarán las preferencias de Chocolate Luigi). Es solo una actividad principal.

No creo que haya cambiado ninguna configuración o preferencia de proyecto entre los dos y tampoco me da un error. MainActivity.javaORIGINAL ANTERIOR VER EDITAR:

package gaga.sharedpreferences;

import android.content.SharedPreferences;
import android.support.v7.app.ActionBarActivity;
import android.os.Bundle;
import android.view.Menu;
import android.view.MenuItem;
import android.view.View;
import android.widget.CheckBox;
import android.widget.CheckedTextView;
import android.widget.TextView;

public class MainActivity extends ActionBarActivity {

    public final class setup extends MainActivity {
        public void setup () {
            //Nothing to see here!
        }

        // Define the File of Prefs; created if nonexistent
        public static final String PREFS_NAME = "MyPrefsFile";

        // Start up
        @Override
        public void onCreate(Bundle state) {
            super.onCreate(state);

            // Restore preferences on Startup
            SharedPreferences settings = getSharedPreferences(PREFS_NAME, 0);
            boolean Chocolate = settings.getBoolean("checkChocolate", false);
            boolean Luigi = settings.getBoolean("checkLuigi", false);
            // Function set to Whatever
            // setSilent(silent);
            /* Note:
            * CheckedTextView and CheckBox::isChecked()
            * CheckBox::setChecked()
            * */
            CheckBox checkHandleChocolate = (CheckBox) findViewById(R.id.checkChocolate);
            CheckBox checkHandleLuigi = (CheckBox) findViewById(R.id.checkLuigi);

            // What was the preference? On Start set it to the bool it left off in
            checkHandleChocolate.setChecked(Chocolate);
            checkHandleLuigi.setChecked(Luigi);

            // Change report text on Start
            TextView buttonHandleChocolate = (TextView) findViewById(R.id.chocolate);
            TextView buttonHandleLuigi = (TextView) findViewById(R.id.luigi);

            if(Chocolate)
                buttonHandleChocolate.setText("I do prefer Chocolate");
            else
                buttonHandleChocolate.setText("I do not prefer Chocolate");
            if(Luigi)
                buttonHandleLuigi.setText("I do prefer Luigi");
            else
                buttonHandleLuigi.setText("I do not prefer Luigi");

        }

        public void saveChocolate(Boolean c) {
            // All objects from android.context.Context
            SharedPreferences settings = getSharedPreferences(PREFS_NAME, 0);
            SharedPreferences.Editor editor = settings.edit();
            editor.putBoolean("Chocolate", c);
            // Commit the edits
            editor.commit();
        }
        public void saveLuigi(Boolean l) {
            // All objects from android.context.Context
            SharedPreferences settings = getSharedPreferences(PREFS_NAME, 0);
            SharedPreferences.Editor editor = settings.edit();
            editor.putBoolean("Chocolate", l);
            // Commit the edits
            editor.commit();
        }
    }


    @Override
    protected void onStop(){
        super.onStop();
        // Objects are from android.context.Context
        //Normally I'd put the edit commits here, but that's not true
    }

    // Clicks on Done
    public void userDone (View view) {
        // View is which widget
        boolean checked = ((CheckBox) view).isChecked();

        // Which checkbox was clicked
        switch(view.getId()) {
            case R.id.checkChocolate:
                setup instance1 = new setup();
                instance1.saveChocolate(checked);
                // No break; continue along
            case R.id.checkLuigi:
                setup instance2 = new setup();
                instance2.saveLuigi(checked);
                break;
        }
    }


    @Override
    protected void onCreate(Bundle savedInstanceState) {
        super.onCreate(savedInstanceState);
        setContentView(R.layout.activity_main);
    }

    @Override
    public boolean onCreateOptionsMenu(Menu menu) {
        // Inflate the menu; this adds items to the action bar if it is present.
        getMenuInflater().inflate(R.menu.menu_main, menu);
        return true;
    }

    @Override
    public boolean onOptionsItemSelected(MenuItem item) {
        // Handle action bar item clicks here. The action bar will
        // automatically handle clicks on the Home/Up button, so long
        // as you specify a parent activity in AndroidManifest.xml.
        int id = item.getItemId();

        //noinspection SimplifiableIfStatement
        if (id == R.id.action_settings) {
            return true;
        }

        return super.onOptionsItemSelected(item);
    }
}

Partes rojas de logcat:

06-02 20:49:57.245  25557-25557/? I/SDP.PUB_CRYPTOD﹕ Starting
06-02 20:49:57.245  25557-25557/? I/SDP.PUB_CRYPTOD﹕ Socket created with fd:-1
06-02 20:49:57.245  25557-25557/? E/SDP.PUB_CRYPTOD﹕ Failed to open the netlink socket with error: Protocol not supported
06-02 20:49:57.245  25557-25557/? E/SDP.PUB_CRYPTOD﹕ Exiting
06-02 20:49:59.995    2866-3012/? V/AlarmManager﹕ waitForAlarm result :8
06-02 20:50:02.280  25633-25633/? I/SDP.PUB_CRYPTOD﹕ Starting
06-02 20:50:02.280  25633-25633/? I/SDP.PUB_CRYPTOD﹕ Socket created with fd:-1
06-02 20:50:02.280  25633-25633/? E/SDP.PUB_CRYPTOD﹕ Failed to open the netlink socket with error: Protocol not supported
06-02 20:50:02.280  25633-25633/? E/SDP.PUB_CRYPTOD﹕ Exiting

Gracias por cualquier ayuda. No he visto este problema mientras merodeaba por Internet, por lo que podría ser excesivamente novato.

EDITAR: reescrito con el único onCreate en la clase MainActivity más grande

package gaga.sharedpreferences;

import android.content.SharedPreferences;
import android.support.v7.app.ActionBarActivity;
import android.os.Bundle;
import android.view.Menu;
import android.view.MenuItem;
import android.view.View;
import android.widget.CheckBox;
import android.widget.CheckedTextView;
import android.widget.TextView;

public class MainActivity extends ActionBarActivity {

    public final class setup extends MainActivity {
        public void setup () {
            //Nothing to see here!
        }

        // Define the File of Prefs; created if nonexistent
        public static final String PREFS_NAME = "MyPrefsFile";

        // Start up
        public void onCreateSubclass() {
            // super.onCreate(state);

            // Restore preferences on Startup
            SharedPreferences settings = getSharedPreferences(PREFS_NAME, 0);
            boolean Chocolate = settings.getBoolean("checkChocolate", false);
            boolean Luigi = settings.getBoolean("checkLuigi", false);
            // Function set to Whatever
            // setSilent(silent);
            /* Note:
            * CheckedTextView and CheckBox::isChecked()
            * CheckBox::setChecked()
            * */
            CheckBox checkHandleChocolate = (CheckBox) findViewById(R.id.checkChocolate);
            CheckBox checkHandleLuigi = (CheckBox) findViewById(R.id.checkLuigi);

            // What was the preference? On Start set it to the bool it left off in
            checkHandleChocolate.setChecked(Chocolate);
            checkHandleLuigi.setChecked(Luigi);

            // Change report text on Start
            TextView buttonHandleChocolate = (TextView) findViewById(R.id.chocolate);
            TextView buttonHandleLuigi = (TextView) findViewById(R.id.luigi);

            if(Chocolate)
                buttonHandleChocolate.setText("I do prefer Chocolate");
            else
                buttonHandleChocolate.setText("I do not prefer Chocolate");
            if(Luigi)
                buttonHandleLuigi.setText("I do prefer Luigi");
            else
                buttonHandleLuigi.setText("I do not prefer Luigi");

        }

        public void saveChocolate(Boolean c) {
            // All objects from android.context.Context
            SharedPreferences settings = getSharedPreferences(PREFS_NAME, 0);
            SharedPreferences.Editor editor = settings.edit();
            editor.putBoolean("Chocolate", c);
            // Commit the edits
            editor.commit();
        }
        public void saveLuigi(Boolean l) {
            // All objects from android.context.Context
            SharedPreferences settings = getSharedPreferences(PREFS_NAME, 0);
            SharedPreferences.Editor editor = settings.edit();
            editor.putBoolean("Chocolate", l);
            // Commit the edits
            editor.commit();
        }
    }


    @Override
    protected void onStop(){
        super.onStop();
        // Objects are from android.context.Context
        //Normally I'd put the edit commits here, but that's not true
    }

    // Clicks on Done
    public void userDone (View view) {
        // View is which widget
        boolean checked = ((CheckBox) view).isChecked();

        // Which checkbox was clicked
        switch(view.getId()) {
            case R.id.checkChocolate:
                setup instance1 = new setup();
                instance1.saveChocolate(checked);
                // No break; continue along
            case R.id.checkLuigi:
                setup instance2 = new setup();
                instance2.saveLuigi(checked);
                break;
        }
    }


    @Override
    protected void onCreate(Bundle savedInstanceState) {
        super.onCreate(savedInstanceState);
        setContentView(R.layout.activity_main);

        setup startInstance = new setup();
        startInstance.onCreateSubclass();
    }

    @Override
    public boolean onCreateOptionsMenu(Menu menu) {
        // Inflate the menu; this adds items to the action bar if it is present.
        getMenuInflater().inflate(R.menu.menu_main, menu);
        return true;
    }

    @Override
    public boolean onOptionsItemSelected(MenuItem item) {
        // Handle action bar item clicks here. The action bar will
        // automatically handle clicks on the Home/Up button, so long
        // as you specify a parent activity in AndroidManifest.xml.
        int id = item.getItemId();

        //noinspection SimplifiableIfStatement
        if (id == R.id.action_settings) {
            return true;
        }

        return super.onOptionsItemSelected(item);
    }
}

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