Estoy tratando de hacer el Juego de la vida de Conway, donde el usuario ingresa qué tan grande quiere la cuadrícula y qué células comienzan como vivas. Esto es lo que tengo:

def firstBoard(rows, cols, array):
    myList = [[0]*cols for i in range(rows)]
    for i in myList:
        i.append(-1)
        i.insert(0,-1)
    myList.insert(0,[-1]* (cols+2))
    myList.append([-1]* (cols+2))

    while True:
        rows = input("Enter the row or 'q': ")
        if rows == 'q':
            break
        cols = input("Enter the column: ")
        print()
        myList[int(rows)][int(cols)] = 1
    return myList

def nextGen(cols, rows, cur, nxt):
    for i in range(1,rows-1):
        for j in range(1,cols-1):
            nxt[i][j] = processNeighbours(i, j, cur)

def processNeighbours(x, y, array):
    nCount = 0
    for j in range(y-1,y+2):
        for i in range(x-1,x+2):
            if not(i == x and j == y):
                if array[i][j] != -1:
                    nCount += array[i][j]
    if array[x][y] == 1 and nCount < 2:
        return 0
    if array[x][y] == 1 and nCount > 3:
        return 0
    if array[x][y] == 0 and nCount == 3:
        return 1
    else:
        return array[x][y]

def printBoard(cols, rows, array):
    for i in range(rows+2):
        for j in range(cols+2):
            if array[i][j] == -1:
                print("#", end=" ")
            elif array[i][j] == 1:
                print(".", end=" ")
            else:
                print(" ", end=" ")
        print()


def main():
    rows = int(input("Please enter the number of rows: "))
    cols = int(input("Please enter the number of columns: "))
    myList = []
    newList = []
    myList = firstBoard(rows, cols, myList)
    newList = myList

    print()

    generations = int(input("How many iterations should I run? "))+1
    for gens in range(generations):
        printBoard(cols, rows, myList)
        nextGen(cols, rows, myList, newList)
        myList, newList = newList, myList

main()

Y si tanto para las filas como para las columnas, ingreso cinco y si completo 3,4 4,4 5,4 obtengo esto:

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cuando para los cuadros segundo y cuarto los puntos deben ser horizontales en lugar de verticales. Por favor, ayuda, he estado trabajando en esto todo el día y no puedo entenderlo.