Busqué en varios foros y parece ser una pregunta común. Sin embargo, no pude encontrar una solución. No hice nada loco, así que parece extraño que esto suceda.

@Override
protected Scene onCreateScene() {
    Scene s = new Scene();
    PhysicsWorld mWorld=new PhysicsWorld(new Vector2(0, SensorManager.GRAVITY_EARTH),true);
    s.registerUpdateHandler(mWorld);
    final Sprite eliSprite = new Sprite(400, 240, james_walking[3], getVertexBufferObjectManager());
    eliSprite.setScale(0.5f);
    s.attachChild(eliSprite);
    s.setTouchAreaBindingOnActionDownEnabled(true);
    return s;
}

No tengo mucho más que decir porque no sé mucho sobre Andengine, por lo que agradecería una explicación ficticia. Después de agregar lo que dijo, el error se apaga, sin embargo, el PhysicsWorld todavía no funciona. El logcat dice

02-27 17:07:51.153    2590-2639/com.company.m.appname D/dalvikvm﹕ No JNI_OnLoad found in /data/data/com.company.m.appname/lib/libandenginephysicsbox2dextension.so 0x41cdce70, skipping init